Revealing the immune tumor microenvironment (iTME) in melanoma by multiplexed imaging

Informations projet

ImageMelanoma

N° de convention de subvention: 948811

DOI

10.3030/948811

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Octobre 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 30 Juin 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 613 750,00

Contribution de l’UE

€ 1 613 750,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (11)

Immune profiling and tracking of two-dimensional transition metal dichalcogenides in cells and tissues

Auteurs: Arianna Gazzi a 1, Laura Fusco a b 1, Marco Orecchioni c, Sandeep Keshavan d, Yuyoung Shin e, Jean-Charles Grivel f, Darawan Rinchai b, Eiman I. Ahmed b, Ofer Elhanani g, Giulia Furesi h, Martina Rauner i, Leeat Keren g, Klaus Ley c j, Cinzia Casiraghi e, Davide Bedognetti b k l, Bengt Fadeel d, Lucia Gemma Delogu
Publié dans: Nano Today, 2024, ISSN 1748-0132
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.nantod.2023.102084

A spatial atlas of human gastrointestinal acute GVHD reveals epithelial and immune dynamics underlying disease pathophysiology

Auteurs: Nofar Azulay, Idan Milo, Yuval Bussi, Raz Ben-Uri, Tal Keidar Haran, Michal Eldar, Ofer Elhanani, Yotam Harnik, Oran Yakubovsky, Ido Nachmany, Tomer-Meir Salame, Martin Wartenberg, Philippe Bertheau, David Michonneau, Gerard Socie, Leeat Keren
Publié dans: Science Translational Medicine, Numéro 17, 2025, ISSN 1946-6234
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scitranslmed.adu6032

From genes to modules, from cells to ecosystems

Auteurs: Tal Keidar Haran, Leeat Keren
Publié dans: Molecular Systems Biology, 2022, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110726

Spatial profiling technologies illuminate the tumor microenvironment

Auteurs: Ofer Elhanani, Raz Ben-Uri, Leeat Keren
Publié dans: Cancer Cell, 2023, ISSN 1878-3686
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2023.01.010

CellSighter: a neural network to classify cells in highly multiplexed images

Auteurs: Yael Amitay, Yuval Bussi, Ben Feinstein, Shai Bagon, Idan Milo & Leeat Keren
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40066-7

MAUI (MBI Analysis User Interface)-An image processing pipeline for Multiplexed Mass Based Imaging

Auteurs: Alex Baranski, Idan Milo, Shirley Greenbaum, John-Paul Oliveria, Dunja Mrdjen, Michael Angelo and Leeat Keren
Publié dans: Plos Computational Biology, 2021, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008887

Immune Profiling and Multiplexed Label-Free Detection of 2D MXenes by Mass Cytometry and High-Dimensional Imaging

Auteurs: Laura Fusco, Arianna Gazzi, Christopher E. Shuck, Marco Orecchioni, Dafne Alberti, Sènan Mickael D'Almeida, Darawan Rinchai, Eiman Ahmed, Ofer Elhanani, Martina Rauner, Barbara Zavan, Jean-Charles Grivel, Leeat Keren, Giulia Pasqual, Davide Bedognetti, Klaus Ley, Yury Gogotsi, Lucia Gemma Delogu
Publié dans: Advanced Materials, 2022, ISSN 0935-9648
Éditeur: United Nations Industrial Developement Organization
DOI: 10.1002/adma.202205154

High-dimensional imaging using combinatorial channel multiplexing and deep learning

Auteurs: Raz Ben-Uri, Lior Ben Shabat, Dana Shainshein, Omer Bar-Tal, Yuval Bussi, Noa Maimon, Tal Keidar Haran, Idan Milo, Inna Goliand, Yoseph Addadi, Tomer Meir Salame, Alexander Rochwarger, Christian M. Schürch, Shai Bagon, Ofer Elhanani, Leeat Keren
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 44, 2026, Page(s) 233-246, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-025-02585-0

Data modeling the interplay between single-cell shape, single-cell protein expression, and tissue state

Auteurs: Yuval Tamir, Yuval Bussi, Claudia Owczarek, Luciana Luque, Giuseppe Torrisi, Leor Ariel Rose, Orit Kliper-Gross, Linus Schumacher, Maddy Parsons, Leeat Keren, Assaf Zaritsky
Publié dans: Cell Reports Methods, 2026, ISSN 2667-2375
Éditeur: Elsevier

Multiplexed image analysis: what have we achieved and where are we headed?

Auteurs: Yuval Bussi, Leeat Keren
Publié dans: Nature Methods, Numéro 21, 2024, Page(s) 2212-2215, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02539-5

CellTune: an integrative software for accurate cell classification in spatial proteomics

Auteurs: Yuval Bussi, Dana Shainshein, Eli Ovits, Sarah Posner, Nofar Azulay, Noa Maimon, Tal Keidar Haran, Raz Ben-Uri, Caitlin Brown, Noam Schuldiner, Eylon Yaniv, David Van Valen, Idan Milo, Ofer Elhanani, Robert Schiemann, Leeat Keren
Publié dans: Nature Methods, Numéro 23, 2026, Page(s) 1574-1587, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-026-03162-2

Conference proceedings (1)

Sampling-Aware 3D Spatial Analysis in Multiplexed Imaging

Auteurs: Ido Harlev, Tamar Oukhanov, Raz Ben Uri, Leeat Keren, Shai Bagon
Publié dans: 2026
Éditeur: CVPR
DOI: 10.48550/arxiv.2604.07890