Objetivo
The main objective of this proposal is to generate and improve techniques for forced evolution of desired enzymatic activities.
Two target enzymes 1. Savinase (subtilisin 309) and 2. Lipolase (H. lanuainosa Lipase) have been chosen for attempts to 1. change substrate specificity (charged residue in P4) and 2. optimize performance in a non-natural environment (improved substrate binding in presence of detergent). The sub-objectives are:
1) To develop in vitro selection principles based on catalytic activity.
2) To develop techniques for highly efficient regional in vivo mutagenesis.
3) To develop techniques for efficient in vivo recombination between libraries.
4) To extend on structure-function knowledge of serine proteases and lipases by X-ray crystallographic structure determination of a large number of variants, individually as well as complexed with inhibitors.
5) To further develop techniques for semiautomatic electron-density fitting and model building.
Libraries of the enzymes mono-valently displayed as M13 GIII fusion proteins, and variegated in regions selected on basis of structure-function relations, will be generated. Selection of improved variants will be performed by reaction with suicide inhibitor-labels or covalent transistion state analogs, allowing subsequent panning of labelled phages for amplification. After several selection/amplification cycles, possibly exerted at gradually increased selection pressure (set by concentration of inhibitor and reaction time), the resulting population is characterised by DNA sequencing and activity assays. Selected variants will be recloned in adequate expression organisms and purified in sufficient quantities for the subsequent biochemical characterization and 3-D structure determination by X-ray crystallography. In order to extend the space of diversity obtainable through exsting techniques (appr. 10 mill.), we will attempt to establish a regional plasmid specific and highly error prone replication system, for the generation of regional diversity in vivo. Further, we will attempt the construction of forced in vivo recombination systems, allowing efficient in vivo recombination among different libraries. Construction of similar in vivo mutagenesis and recombination systems in B. subtilis will facilitate generation and screening of enzyme variants in this production relevant organism.
Overall this project aims to improve the techniques available for the development of enzymes with novel properties, and at the same time provide detailed structure -function relationships which can be used in rational design.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología virología
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias de la tierra y ciencias ambientales conexas geología mineralogía cristalografía
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas enzima
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
2820 Bagsværd
Dinamarca
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.