Ziel
The main objective of this proposal is to generate and improve techniques for forced evolution of desired enzymatic activities.
Two target enzymes 1. Savinase (subtilisin 309) and 2. Lipolase (H. lanuainosa Lipase) have been chosen for attempts to 1. change substrate specificity (charged residue in P4) and 2. optimize performance in a non-natural environment (improved substrate binding in presence of detergent). The sub-objectives are:
1) To develop in vitro selection principles based on catalytic activity.
2) To develop techniques for highly efficient regional in vivo mutagenesis.
3) To develop techniques for efficient in vivo recombination between libraries.
4) To extend on structure-function knowledge of serine proteases and lipases by X-ray crystallographic structure determination of a large number of variants, individually as well as complexed with inhibitors.
5) To further develop techniques for semiautomatic electron-density fitting and model building.
Libraries of the enzymes mono-valently displayed as M13 GIII fusion proteins, and variegated in regions selected on basis of structure-function relations, will be generated. Selection of improved variants will be performed by reaction with suicide inhibitor-labels or covalent transistion state analogs, allowing subsequent panning of labelled phages for amplification. After several selection/amplification cycles, possibly exerted at gradually increased selection pressure (set by concentration of inhibitor and reaction time), the resulting population is characterised by DNA sequencing and activity assays. Selected variants will be recloned in adequate expression organisms and purified in sufficient quantities for the subsequent biochemical characterization and 3-D structure determination by X-ray crystallography. In order to extend the space of diversity obtainable through exsting techniques (appr. 10 mill.), we will attempt to establish a regional plasmid specific and highly error prone replication system, for the generation of regional diversity in vivo. Further, we will attempt the construction of forced in vivo recombination systems, allowing efficient in vivo recombination among different libraries. Construction of similar in vivo mutagenesis and recombination systems in B. subtilis will facilitate generation and screening of enzyme variants in this production relevant organism.
Overall this project aims to improve the techniques available for the development of enzymes with novel properties, and at the same time provide detailed structure -function relationships which can be used in rational design.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie Virologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
2820 Bagsværd
Dänemark
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.