Objetivo
The proposed project aims are two-fold:
the development of alternative DNA labelling methodologies that will reduce the complexity and cost of current conventional DNA sequencing systems;
the parallel development of a new non-gel principle by which fluorescently labelled DNA (generated by polymerase chain reaction (PCR) techniques) can be detected allowing the direct sequencing and mapping of DNA fragments in solution.
A comprehensive feasibility study on the use of the Centre for Applied Microbiology and Research (CAMR) optical aperture detection system for a method to enable rapid, 1-step mapping of deoxyribonucleic acid (DNA) both physical and genetic mapping of large (10sKb) DNA fragments is underway. Initial objectives are:
use of high energy electron beam lithography for fabrication of test submircon aperture in opaque screens; design and construction of optical launch and detection system; immobilization of DNA binding proteins onto model substrate matrices (simulating their future use in apertures on solid substrates to permit monitoring of sequential addition of fluorescently labelled bases to single stranded DNA and hence determine sequence); selection, design and construction of model DNA fragments for calibration purpose for use in the CAMR aperture detection system; and selection of applicable fluorophores for coupling to different components of sequencing systems.
Installation and commissioning of a complete Electron Beam Lithography facility for use in this project is being completed. Facilities include thin film (thermal and spin) coating plants, electron beam pattern generation, plasma and chemical etching systems, SEM, clean room, etc. This facility will enable the rapid and dedicated fabrication of sub-micron structures for use throughout this single DNA molecule characterisation project.
The project will run on three fronts.
The Biotechnology Institute (Copenhagen) and subcontractors will investigate methods of DNA labelling using non-laser excited DNA. Base specific photochemical cleavage of DNA will be used as the basis of alternative methods to classical DNA sequencing.
In parallel, a new method for the direct sequencing of solution phase DNA fragments will be developed by CAMR. The technique will utilise recent advances made in the production of optical apertures of similar size to DNA fragments. Thereby, the optical detection of individual, solution phase DNA molecule fragments generated and labelled by the novel chemistries developed at GEG and using PCR methods, will permit non-gel mediated sequencing of DNA.
This work will rely on the second phase (year two) development of comprehensive data analysis systems (developed by the software house, Optimum Ltd, Greece) employing sophisticated detection (opto)electronics and computer software packages capable of the rapid assimilation of real time generated from solution phase sequencing.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales informática y ciencias de la información ciencia de datos
- ciencias naturales informática y ciencias de la información software
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Datos no disponibles
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
SP4 0JG SALISBURY
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.