Ziel
The proposed project aims are two-fold:
the development of alternative DNA labelling methodologies that will reduce the complexity and cost of current conventional DNA sequencing systems;
the parallel development of a new non-gel principle by which fluorescently labelled DNA (generated by polymerase chain reaction (PCR) techniques) can be detected allowing the direct sequencing and mapping of DNA fragments in solution.
A comprehensive feasibility study on the use of the Centre for Applied Microbiology and Research (CAMR) optical aperture detection system for a method to enable rapid, 1-step mapping of deoxyribonucleic acid (DNA) both physical and genetic mapping of large (10sKb) DNA fragments is underway. Initial objectives are:
use of high energy electron beam lithography for fabrication of test submircon aperture in opaque screens; design and construction of optical launch and detection system; immobilization of DNA binding proteins onto model substrate matrices (simulating their future use in apertures on solid substrates to permit monitoring of sequential addition of fluorescently labelled bases to single stranded DNA and hence determine sequence); selection, design and construction of model DNA fragments for calibration purpose for use in the CAMR aperture detection system; and selection of applicable fluorophores for coupling to different components of sequencing systems.
Installation and commissioning of a complete Electron Beam Lithography facility for use in this project is being completed. Facilities include thin film (thermal and spin) coating plants, electron beam pattern generation, plasma and chemical etching systems, SEM, clean room, etc. This facility will enable the rapid and dedicated fabrication of sub-micron structures for use throughout this single DNA molecule characterisation project.
The project will run on three fronts.
The Biotechnology Institute (Copenhagen) and subcontractors will investigate methods of DNA labelling using non-laser excited DNA. Base specific photochemical cleavage of DNA will be used as the basis of alternative methods to classical DNA sequencing.
In parallel, a new method for the direct sequencing of solution phase DNA fragments will be developed by CAMR. The technique will utilise recent advances made in the production of optical apertures of similar size to DNA fragments. Thereby, the optical detection of individual, solution phase DNA molecule fragments generated and labelled by the novel chemistries developed at GEG and using PCR methods, will permit non-gel mediated sequencing of DNA.
This work will rely on the second phase (year two) development of comprehensive data analysis systems (developed by the software house, Optimum Ltd, Greece) employing sophisticated detection (opto)electronics and computer software packages capable of the rapid assimilation of real time generated from solution phase sequencing.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Datenwissenschaften
- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Software
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Daten nicht verfügbar
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
SP4 0JG SALISBURY
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.