Objectif
In this multidisciplinary cooperation the methods of molecular modelling, structure determination and microbial techniques are applied to the analysis of protein stability, folding and functional properties, with the aim of understanding the underlying mechanism at the atomic level.
The research associated with this project utilizes prior work associated with the protein engineering of Barnase which has generated some 50 mutants all in relation to stability and activity.
The results which have been obtained to date can be divided into 3 categories:
development of research tools;
results aiming at the understanding of the mechanism of folding and stability;
results aiming at the understanding of the mechanism of enzyme kinetics.
Development of the research tool box:
In addition to various X-ray crystal structures which are already available for Barnase solution structure of Barnase has been determined by nuclear magnetic resonance (NMR).
Resultsaiming at the understanding of the mechanism of folding and stability:
The thermal stability of wild type Barnase (WT) and the T16S-mutant was investigating using high-sensitivity Differential Scanning Calorimetry (DSC).
Results aiming at the understanding of the mechanism of enzyme kinetics:
These include a study on the subsite specificity of the transesterification reaction catalysed by Barnase; modelling and analysis of the Barnase utilizing a pentanucleotide transition state model; the molecular dynamic simulation of barnase in the presence of 5 phosphate ions CH3OPO4 and the simulation of histidine protonation and deprotonation.
In the present project a multi-disciplinary approach is applied to the analysis of protein stability, folding and functional properties, with the aim of providing understanding at the atomic level of the underlying mechanisms.
It integrates experimental studies including site directed
mutagenesis, denaturation studies, analysis of catalytic parameters, as well as structural studies by x-ray diffraction and 2D NMR techniques, with theoretical analyses that combine molecular mechanics, and knowledge based modelling with dynamical simulations and free energy calculations. It will moreover be applied to a unique system, the enzyme barnase, and related microbial endonucleases which has proven to be a superior paradigm for such studies. This system can also be used to analyze protein-nucleic acid interactions and to experiment with design of G-binding peptides.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- ingénierie et technologie ingénierie des materiaux cristaux
- sciences naturelles sciences chimiques chimie analytique calorimétrie
- sciences naturelles sciences chimiques catalyse
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Données non disponibles
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
2611 XT Delft
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.