Ziel
In this multidisciplinary cooperation the methods of molecular modelling, structure determination and microbial techniques are applied to the analysis of protein stability, folding and functional properties, with the aim of understanding the underlying mechanism at the atomic level.
The research associated with this project utilizes prior work associated with the protein engineering of Barnase which has generated some 50 mutants all in relation to stability and activity.
The results which have been obtained to date can be divided into 3 categories:
development of research tools;
results aiming at the understanding of the mechanism of folding and stability;
results aiming at the understanding of the mechanism of enzyme kinetics.
Development of the research tool box:
In addition to various X-ray crystal structures which are already available for Barnase solution structure of Barnase has been determined by nuclear magnetic resonance (NMR).
Resultsaiming at the understanding of the mechanism of folding and stability:
The thermal stability of wild type Barnase (WT) and the T16S-mutant was investigating using high-sensitivity Differential Scanning Calorimetry (DSC).
Results aiming at the understanding of the mechanism of enzyme kinetics:
These include a study on the subsite specificity of the transesterification reaction catalysed by Barnase; modelling and analysis of the Barnase utilizing a pentanucleotide transition state model; the molecular dynamic simulation of barnase in the presence of 5 phosphate ions CH3OPO4 and the simulation of histidine protonation and deprotonation.
In the present project a multi-disciplinary approach is applied to the analysis of protein stability, folding and functional properties, with the aim of providing understanding at the atomic level of the underlying mechanisms.
It integrates experimental studies including site directed
mutagenesis, denaturation studies, analysis of catalytic parameters, as well as structural studies by x-ray diffraction and 2D NMR techniques, with theoretical analyses that combine molecular mechanics, and knowledge based modelling with dynamical simulations and free energy calculations. It will moreover be applied to a unique system, the enzyme barnase, and related microbial endonucleases which has proven to be a superior paradigm for such studies. This system can also be used to analyze protein-nucleic acid interactions and to experiment with design of G-binding peptides.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Technik und Technologie Werkstofftechnik Kristalle
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften analytische Chemie Kalorimetrie
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften Katalyse
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Enzym
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Daten nicht verfügbar
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
2611 XT Delft
Niederlande
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.