Objetivo
(1) Technology-related: Finding, designing and synthesis of a sensitive and PNA:NAspecific dye; fixation of PNA on useful solid supports; specific hybridisation of DNA with solid support-bound PNA; detection of PNA:NA hybrids by specific dye interaction; development of bread boards for detection.
(2) Application related: Development of a working model with the new dye using model DNA sequences related to selected p53 mutations; application of the working model to representative sS3 mutations from clinical samples.
At present, nucleic acid (NA) diagnostic systems are based on hybridisation between NA analytes and NA probes labelled with a reporter group. This type of hybridisation is limited regarding sensitivity, specificity, complexity, hybridisation conditions, and the need of prior probe labelling. To overcome these limitations new diagnostic principles for specific and fast detection of NA will be investigated which are obtained by specific hybridisation of PCR products of diagnostic relevant analyte sequences with solid support-bound PNA. In case of PNA the entire backbone has been replaced by a backbone composed of N-(2-aminoethyl)glycine units leaving the nucleobases intact. Although this alternative backbone chemically does not even remotely resemble the deoxyribose phosphodiester backbone of DNA, it is structurally homomorpheous to the DNA backbone. The PNA duplexes of mixed purine/pyrimidine sequences with Watson-Crick-like helix structures are more stable than the corresponding NA:NA duplexes, but the kinetic parameters are similar for the formation of PNA:NA and PNA:PNA duplexes. Since PNA is a pseudo-peptide, chemical modification and conjugation is fairly straight forward. Recently it has been shown that known NA:NA hybrid-interacting dyes interact in a different way with PNA:NA hybrids. Therefore one aim of this project is to find highly sensitive dyes which interact selectively only with PNA:NA-hybrids. By combining such a dye with the advantages of PNA hybridisation, the basis for a new and improved array-like diagnostic sensor will be developed in form of a model system. A prerequisite for this model system is the specific formation and detection of PNA:NA hybrids on a surface in array like geometry. For PNA analysis of genomic mutation patterns a working model with the new dye will be set up. As substrates will be used selected p53-related oligonucleotides and DNA model sequences obtained by PCR amplification from p53 plasmids. Additionally representative pS3 mutations from clinical samples will be analysed applying the model system to show the clinical potential of a PNA array sensor.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
2200 Kobenhavn N
Dinamarca
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.