Objetivo
To coordinate the HIV sequencing work at the European level and to perform the nucleotide sequence determination in the most time and cost efficient way, the EC established the Centralized Facility (CF) for HIV Genome Analysis at the Georg-Speyer-Haus in Frankfurt (Germany) in December 1990. Here, sequencing is done by modern techniques, an automated laser fluorescence machine (A.L.F.) and experienced personel which are prerequisites for efficient sequencing. The material, especially the sequencing primers, which have first to be designed from consensus sequences of HIV, can then be shared for all projects to be sequenced at the CF, a fact that serves a lot of time and money. Also, the data evaluation is centralized at the CF and the applicants receive the final sequence data by electronic mail or on floppy disk.
The extreme variability of the human immunodeficiency virus (HIV) is the major obstacle in the development of an effective vaccine or a therapy. The continuous mutations introduced into the viral genomes during their replication cycles very rapidly lead to new variants which can escape the neutralization mechanisms imposed either naturally by the immune system of the host or artificially through a vaccine or a therapeutic drug. To understand these mechanisms of escape at the genetic level, to correlate viral phenotypes with genotypes and to establish the actual epidemiological patterns by correlating the genetic variants with their geographic distribution requires considerable sequence information. To perform this work in the most time and cost efficient way, the European Community (EC) established the Centralized Facility (CF) for HIV Genome Analysis where sequencing is done on an automated laser fluorescence machine (ALF). European acquired immune deficiency syndrome (AIDS) researchers send their HIV deoxyribonucleic acid (DNA) to be sequenced to the CF.
More than 100 kilobases (kb) of evaluated sequence data have been produced by the CF which corresponds to 300 to 400 kb of actual sequencing work. The data were generated for 9 projects from 4 European countries. A set of 135 fluorescent primers is available for HIV-1, 25 for HIV-2 and 13 for various cloning vectors. Most of the HIV primers were derived from an HIV consensus sequence and can be used for the majority of the variants. The other primers have been adjusted for individual clones or HIV subtypes. In addition, the introduction of fluoro-dATP as labelling agent and the technique of solid phase sequencing for the ALF improved the length of the readable sequence per gel run up to 700 base pairs (bp) per lane.
The extreme variability of the human immunodeficiency virus HIV is the major obstacle in the development of an effective vaccine or a therapy. The continuous mutations introduced into the viral genomes during their replication cycles very rapidly lead to new variants which can escape the neutralisation mechanisms imposed either naturally by the immune system of the host or artificially through a vaccine or a therapeutic drug. To understand these mechanisms of escape at the genetic level, to correlate viral phenotypes with genotypes and to establish the actual epidemiological patterns by correlating the genetic variants with their geographic distribution obviously requires a lot of sequence information.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma genoma vírico
- ciencias médicas y de la salud medicina básica inmunología
- ciencias médicas y de la salud ciencias de la salud enfermedad infecciosa virus de ARN VIH
- ciencias médicas y de la salud medicina básica farmacología y farmacia medicamento vacuna
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
60596 Frankfurt am Main
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.