Objetivo
In the cell, the folding of proteins is facilitated by the presence of molecular chaperones. Chaperones appear to increase the yield of native proteins by protecting the polypeptide chains from aggregating during the folding process, and possibly by correcting misfolded structures. One of these chaperones is the GroEL chaperonin. GroEL function requires large conformational changes, which are induced by the binding of ATP and the co-chaperonin GroES. It remains unclear how ATP triggers these conformational changes and how these changes induce the (un) folding of proteins. We propose to elucidate two essential aspects of the GroEL cycle by several approaches based on molecular dynamics (MD) simulations. Our first objective is to show how ATP binding and hydrolysis induce the observed conformational transitions in GroEL. Hereto, we will perform MD free energy simulations to obtain the free energy differences among the structures involved, and employ a free energy component analysis to identify the key interactions. Our second objective is to examine if and how GroEL actively unfolds misfolded proteins. Hereto, we will "drive" the conformational transition of GroEL by applying an external force to simulate the changes in the time domain accessible to MD simulations. During the transition, the denatured protein will be simulated and extensively sampled We will track the unfolding process and determine the origin of the unfolding force by a detailed analysis of the protein substrate structures and from its interactions with GroEL.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Datos no disponibles
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
67000 STRASBOURG
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.