Objectif
In the cell, the folding of proteins is facilitated by the presence of molecular chaperones. Chaperones appear to increase the yield of native proteins by protecting the polypeptide chains from aggregating during the folding process, and possibly by correcting misfolded structures. One of these chaperones is the GroEL chaperonin. GroEL function requires large conformational changes, which are induced by the binding of ATP and the co-chaperonin GroES. It remains unclear how ATP triggers these conformational changes and how these changes induce the (un) folding of proteins. We propose to elucidate two essential aspects of the GroEL cycle by several approaches based on molecular dynamics (MD) simulations. Our first objective is to show how ATP binding and hydrolysis induce the observed conformational transitions in GroEL. Hereto, we will perform MD free energy simulations to obtain the free energy differences among the structures involved, and employ a free energy component analysis to identify the key interactions. Our second objective is to examine if and how GroEL actively unfolds misfolded proteins. Hereto, we will "drive" the conformational transition of GroEL by applying an external force to simulate the changes in the time domain accessible to MD simulations. During the transition, the denatured protein will be simulated and extensively sampled We will track the unfolding process and determine the origin of the unfolding force by a detailed analysis of the protein substrate structures and from its interactions with GroEL.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Données non disponibles
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
67000 STRASBOURG
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.