Objetivo
Homologous recombination is a strand exchange between two DNA molles of identical or similar sequence. The reaction plays a crucial role in the DNA repair and DNA segregation. The reaction is catalyzed by recA protein in E. coli and its homologue, rad51 protein, in eukaryotes. Complete understanding of the reaction on structural basis requires detailed information about the structures of recA protein/DNA complexes. One of the participants previously showed that recA protein can interact with very short oligonucleotides with high affinity and catalyze the strand exchange when the oligonucleotides are tagged with a fluorescent dye (Volodin et al., FEBS Letters, 1994).
This system provides a nice experimental tool for the study of homologous recombination, which is now exploited also in biotechnology.
The fluorescence of fluorescence dye could be used to monitor the reaction
in situ.
The fluorescence dye also provides structural information of various
reaction intermediates.
Possibility to use very short oligonucleotides simplifies the reaction
analysis by separating the initiation step from the elongation step of the
reaction.
Use of short oligonucleotide could facilitate the use of various physical
methods for structural analysis. The present project aims to determine the mechanism of homologous recombination using this chemically modified oligonucleotides and also understand how the chemical modification facilitates the interaction of oligonucleotide with RecA to optimize application of the reaction in biotechnology. 1) The kinetic parameters of the reaction will be determined by fluorescence measurements of the dye-labelled oligonucleotides along with the analysis of the products by gel electrophoresis. The association rates of the first as well as the second DNA to RecA will be determined. 2) Detailed structure of the complexes will be investigated by spectroscopic methods which are previously used for the analysis of RecA-DNA complexes. Also biochemical methods such as chemical interference and crosslinking analyses of the complex will be used. This allows to determine the structure of oligonucleotide and the exact contact points between the protein and the oligonucleotides in various reaction intermediates. 3) Several modification of oligonucleotide will be made to confirm the conclusion and to find out more efficient oligonucleotides for further structural analysis and also for biotechnological application. This project includes experts of different fields: experts in RecA protein biochemical studies, spectroscopy and chemical synthesis of oligonucleotide. This multidisciplinary collaboration permits efficient advancement of the project.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Datos no disponibles
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Datos no disponibles
Coordinador
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.