Obiettivo
Homologous recombination is a strand exchange between two DNA molles of identical or similar sequence. The reaction plays a crucial role in the DNA repair and DNA segregation. The reaction is catalyzed by recA protein in E. coli and its homologue, rad51 protein, in eukaryotes. Complete understanding of the reaction on structural basis requires detailed information about the structures of recA protein/DNA complexes. One of the participants previously showed that recA protein can interact with very short oligonucleotides with high affinity and catalyze the strand exchange when the oligonucleotides are tagged with a fluorescent dye (Volodin et al., FEBS Letters, 1994).
This system provides a nice experimental tool for the study of homologous recombination, which is now exploited also in biotechnology.
The fluorescence of fluorescence dye could be used to monitor the reaction
in situ.
The fluorescence dye also provides structural information of various
reaction intermediates.
Possibility to use very short oligonucleotides simplifies the reaction
analysis by separating the initiation step from the elongation step of the
reaction.
Use of short oligonucleotide could facilitate the use of various physical
methods for structural analysis. The present project aims to determine the mechanism of homologous recombination using this chemically modified oligonucleotides and also understand how the chemical modification facilitates the interaction of oligonucleotide with RecA to optimize application of the reaction in biotechnology. 1) The kinetic parameters of the reaction will be determined by fluorescence measurements of the dye-labelled oligonucleotides along with the analysis of the products by gel electrophoresis. The association rates of the first as well as the second DNA to RecA will be determined. 2) Detailed structure of the complexes will be investigated by spectroscopic methods which are previously used for the analysis of RecA-DNA complexes. Also biochemical methods such as chemical interference and crosslinking analyses of the complex will be used. This allows to determine the structure of oligonucleotide and the exact contact points between the protein and the oligonucleotides in various reaction intermediates. 3) Several modification of oligonucleotide will be made to confirm the conclusion and to find out more efficient oligonucleotides for further structural analysis and also for biotechnological application. This project includes experts of different fields: experts in RecA protein biochemical studies, spectroscopy and chemical synthesis of oligonucleotide. This multidisciplinary collaboration permits efficient advancement of the project.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Dati non disponibili
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Dati non disponibili
Coordinatore
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.