Un nuevo software para analizar proteínas
El proyecto «Automated NMR structure-based assignments» (NMR-SBA) se propuso eliminar los escollos relacionados con la interpretación del espectro en estudios de resonancia magnética nuclear (RMN). Sus responsables desarrollaron un software de asignación automática basado en estructuras de RMN. Para lograrlo fue necesario alcanzar varios objetivos, como por ejemplo el desarrollo de algoritmos con los que analizar proteínas de distintos tamaños o poner a prueba estos algoritmos para así determinar los parámetros idóneos. El equipo al cargo incluyó nuevos tipos de datos de RMN en el software para ampliar su utilidad. Además extrajeron datos adicionales de las fuentes existentes para así mejorar el rendimiento de los algoritmos. En total se programaron tres algoritmos y su software correspondiente con los que resolver el problema de asignación de proteínas en función de una plantilla. Se emplearon algoritmos basados en un marco preexistente denominado NVR (sustitución de vectores nucleares). El primero de estos tres métodos, denominado NVR BIP, se basó en programación lineal entera binaria (BIP) para dar con una solución precisa con la que reducir el tamaño de las proteínas. Si bien esta técnica mejoró considerablemente la precisión de la herramienta NVR, no aportó una solución para las proteínas de gran tamaño, por lo que se optó por crear dos algoritmos adicionales para estas proteínas. Además se incorporó al programa informático datos nuevos que previamente debían introducirse de forma manual. Los investigadores se sirvieron, para comprobar el software, de bases de datos tanto públicas como pertenecientes a los colaboradores del equipo. En caso de no contar con algún tipo de datos concreto se valieron de datos sintéticos. El equipo recibió hacia el final del proyecto una subvención que le proporcionó la oportunidad de colaborar con científicos de primera fila para abrir nuevas vías terapéuticas. El programa contribuirá al estudio de las proteínas de gran tamaño y, por tanto, al desarrollo de antibióticos nuevos que venzan la resistencia que muestran las bacterias Gram negativas,aunque esta es solo una de las maneras, de las muchas que probablemente se descubrirán en un futuro, en la que los científicos podrán aprovechar el programa informático.
Palabras clave
Análisis de proteínas, enfermedades, proteínas, resonancia magnética nuclear, sustitución de vectores nucleares, NVR-BIP, programación lineal entera binaria, resistencia a antibióticos, bacteria Gram negativa
