La mise au point d'un logiciel pour l'analyse des protéines
Le projet NMR-SBA («'Automated NMR structure-based assignments») portait principalement sur les problèmes rencontrés lors de la lecture des spectres apparaissant dans les études relatives à la résonance magnétique nucléaire (RMN). Pour remédier à ce problème, des chercheurs ont mis au point un logiciel permettant l'affectation automatisée structurale de signaux RMN. Pour ce faire, plusieurs étapes importantes ont dû être franchies. On citera, par exemple, la mise au point d'algorithmes pour l'analyse des protéines de différentes tailles et la vérification des algorithmes afin de définir leurs meilleurs paramètres d'utilisation. En outre, les chercheurs ont intégré de nouveaux types de données RMN dans le logiciel afin d'améliorer sa fonctionnalité. Ils ont également extrait suffisamment de données des sources existantes afin d'améliorer les résultats des algorithmes. Ils ont mis au point trois algorithmes et un logiciel correspondant afin d'influer sur l'affectation des protéines en présence d'un modèle. Les chercheurs ont utilisé les algorithmes inspirés d'un cadre existant appelé remplacement des vecteurs nucléaires (NVR). Dans le cadre de la première méthode, NVR-BIP, ils ont utilisé la programmation en nombres entiers (BIP) afin de trouver une solution appropriée permettant de réduire la taille des protéines. Cette technique a amélioré de manière significative la précision de l'affectation de l'outil NVR. Cependant, cela n'a pas résolu le problème des protéines de grande taille. Les chercheurs ont par conséquent mis au point deux autres algorithmes pour les protéines de grande taille. En outre, les nouvelles données, qui avaient d'abord dû être configurées manuellement, ont été intégrées dans le logiciel. Pour tester le logiciel, les chercheurs ont utilisé des données provenant de bases de données publiques, ainsi que des données fournies par les membres de l'équipe. Lorsqu'un certain type de donnée n'était pas disponible, ils utilisaient des données synthétiques. À la fin du projet, l'équipe a reçu une bourse pour travailler avec des scientifiques en vue sur de nouvelles solutions thérapeutiques. Le logiciel contribuera à l'étude des protéines de grande taille pour la mise au point de nouveaux antibiotiques contre les bactéries à gram négatif résistant aux antibiotiques. Il s'agit là d'un des nombreux moyens pour les scientifiques d'utiliser ce logiciel. De nombreux autres seront probablement découverts ç l'avenir.
