Una nueva era en el diagnóstico microbiológico
La técnica de SNG consiste en una secuenciación en paralelo de alto rendimiento capaz de procesar numerosas muestras. Este método presenta muchas ventajas para el diagnóstico microbiológico, entre ellas, la capacidad de identificar simultáneamente varios microorganismos, incluso trazas de virus, en una misma muestra. Se espera que la incorporación de esta técnica de SNG en los laboratorios de diagnóstico para secuenciar genomas completos de patógenos contribuya a mejorar la salud y el tratamiento de los pacientes. El objetivo del proyecto PATHSEEK (Automated next generation sequencing for diagnostic microbiology), financiado con fondos europeos, fue desarrollar una plataforma de SNG para detectar las mutaciones que confieren farmacorresistencia en un plazo de uno o dos días. El método consiste en una fase de enriquecimiento de ácido nucleico en la que se emplearon pequeñas sondas de ARN de ciento veinte pares de bases para extraer material genético del patógeno y desechar el ADN humano y del comensal. Se evaluó la plataforma con ocho patógenos clave y se realizó un análisis comparativo de casi dos mil quinientas muestras. Los resultados mostraron una sensibilidad elevada desde el punto de vista clínico, lo que constituía una gran ventaja para el tratamiento terapéutico y el control de brotes. A fin de superar las dificultades informáticas presentes en estas técnicas de SNG, se desarrolló y normalizó un análisis de datos de secuenciación automatizado con interfaz sencilla y formato de presentación adecuado. Se logró implantar la plataforma PATHSEEK en dos hospitales del Reino Unido para la detección de microorganismos resistentes y de transmisión nosocomial. Además, uno de los socios ofreció la plataforma como servicio centralizado a laboratorios universitarios, diagnósticos y sanitarios. En conjunto, los plazos que se manejan con la plataforma PATHSEEK y su capacidad para detectar las posibles mutaciones que confieren farmacorresistencia la convierten en una herramienta ideal para el diagnóstico de ciertas enfermedades. Además, la secuenciación de todo el genoma facilitará la identificación de mutaciones de resistencia novedosas en muestras clínicas de pacientes que no responden al tratamiento antibiótico administrado.
Palabras clave
Microbiología, diagnóstico, SNG, PATHSEEK, mutaciones de farmacorresistencia
