La degradación del ARN desde una perspectiva mecánica
La regulación de la estabilidad del ARN en las células eucariotas determina la abundancia de proteínas en el tiempo y espacio. La degradación del ARN es un mecanismo que regula la expresión génica durante el desarrollo y la diferenciación. A pesar de que se han identificado muchos elementos de la maquinaria de degradación del ARN, algunos detalles relacionados con su función aún no se conocen. El exosoma es un complejo de exonucleasa con muchas subunidades que degrada diferentes especies de ARN. La preferencia por el sustrato depende de las proteínas complementarias y la ubicación subcelular. Los científicos del proyecto financiado por la Unión Europea EXOSOME-SKI-COMPLEX (Structural and functional studies on how the Ski complex activates the exosome to degrade RNA) se propusieron comprender los mecanismos de este sistema de degradación del ARNm. Para ello, utilizaron a la levadura como organismo modelo en el que el complejo Ski es el principal factor complementario del exosoma citosólico. El complejo Ski principal incluye a la helicasa de ARN Ski2, la gran proteína Ski3 y dos copias de Ski8. La proteína Ski7 cumple la función de adaptador entre el complejo Ski y el exosoma. Los científicos del proyecto identificaron diferentes estructuras de cristales y recabaron información estructural sobre toda la molécula de Ski7. Con ello concluyeron que el extremo N de Ski7 se adhiere firmemente alrededor del exosoma y así éste se une al complejo Ski. El extremo C de la proteína se une al GTP y podría desempeñar una función en el ribosoma, similar a las GTPasas que participan en la traducción. Además, encontraron que el complejo Ski desempeña una función de cotraducción al unirse directamente al ribosoma. Combinadas, las observaciones del proyecto EXOSOME-SKI-COMPLEX aportan información muy importante sobre el mecanismo molecular asociado a la degradación del ARN. Conocer las interacciones a nivel atómico permitirá intervenir en la degradación del ARN en el futuro con el fin de manipular la expresión de proteínas con fines terapéuticos.
Palabras clave
ARN, degradación, exosoma, levadura, Ski7
