Des informations mécanistiques sur la dégradation de l'ARN
Chez les cellules eucaryotes, l'abondance des protéines dans le temps et dans l'espace est définie en régulant la stabilité de l'ARN. La dégradation de l'ARN est désormais un mécanisme établi pour réguler l'expression génique lors du développement et de la différenciation. Bien que de nombreux éléments du mécanisme de dégradation de l'ARN aient été identifiés, les détails concernant leur fonction restent élusifs. L'exosome est un complexe d'exonucléase à multiples sous-unités qui dégrade de nombreuses espèces d'ARN. Les protéines accessoires et la localisation subcellulaire déterminent son substrat préférentiel. Les scientifiques du projet EXOSOME-SKI-COMPLEX (Structural and functional studies on how the Ski complex activates the exosome to degrade RNA), financé par l'UE, souhaitaient élucider les mécanismes de ce système de dégradation de l'ARNm. Pour ce faire, ils ont utilisé la levure comme organisme modèle où le complexe Ski est le facteur accessoire majeur de l'exosome cytosolique. Le complexe Ski principal comprend l'ARN hélicase Ski2, la grande protéine Ski3 et deux copies de Ski8. La protéine Ski7 agit comme adaptateur entre l'exosome et le complexe Ski. Les chercheurs du projet ont obtenu de nombreuses structures cristallines et des informations structurelles sur toute la molécule de Ski7. Ils en ont conclu que l'extrémité N-terminale de Ski7 est étroitement enveloppée autour de l'exosome afin de le relier au complexe Ski. L'extrémité C-terminale de la protéine relie le GTP et pourrait avoir une fonction sur le ribosome, semblable aux GTPases translationnelles. Ils ont également découvert que le complexe Ski avait une fonction co-translationnelle en se reliant directement au ribosome. Les observations faites lors du projet EXOSOME-SKI-COMPLEX fournissent des informations fondamentales sur le mécanisme moléculaire de la dégradation de l'ARN. La description des interactions au niveau atomique permettra d'interférer avec la dégradation de l'ARN, pour manipuler l'expression protéique à des fins thérapeutiques.
Mots‑clés
ARN, dégradation, exosome, levure, Ski7