El proyecto Biobabel crea una ontología común para los atributos biológicos
El instituto europeo de bioinformática (EBI) ha anunciado el éxito de BioBabel, que incluye el desarrollo de un vocabulario controlado y una ontología común para describir los atributos biológicos en las bases de datos sobre biología. El proyecto fue financiado por la Unión Europea dentro de la prioridad Calidad de vida y gestión de los recursos vivos del V Programa Marco. BioBabel fue coordinado por instituto europeo de bioinformática (Reino Unido), y reunió a los socios del instituto suizo de bioinformática, el instituto de bioquímica de la Universidad de Colonia (Alemania) y el centro nacional de biotecnología farmacéutica de bioquímica del Trinity College (Irlanda). Y estuvo operativo desde diciembre de 2001 a noviembre de 2004. El proyecto, de nombre "Enhanced interoperability of biological databases by standardisation of biochemical terminology and introduction of a shared ontology", combina las fortalezas diferentes de los grupos de trabajo europeos sobre varios aspectos de la normalización de la terminología bioquímica en las bases de datos con el objetivo de desarrollar y aplicar un vocabulario controlado y una ontología común que describa los atributos biológicos en las bases de datos biológicas. La razón por la que los científicos necesitan vocabularios normalizados radica en que las bases de datos biológicas describen un amplio espectro de información. La diversidad complica los esfuerzos de integración de las bases de datos. El proyecto Biobabel permitió el desarrollo y la aplicación de ontologías comunes para describir los atributos biológicos en estas bases de datos. Las ontologías podrían ser definidas como sistemas de representación del conocimiento. En este contexto, se refiere concretamente a la representación de modelos e hipótesis en términos compatibles a nivel informático. Este trabajo permitirá a los usuarios llevar a cabo consultas complejas en las bases de datos de una forma más simple. Los socios de este proyecto pretenden aplicar una terminología normalizada en todas las bases de datos que producen y mantienen. El proyecto consistió en 12 paquetes de trabajo divididos en seis clases: - investigación y desarrollo de un vocabulario controlado para la terminología biológica y bioquímica; - investigación y desarrollo de un vocabulario controlado estructurado, y la ontología génica que defina los productos genéticos en cuanto a su función molecular, el papel biológico y la localización celular; - desarrollo y aplicación de un sistema de base de datos para almacenar el vocabulario controlado con el fin de desarrollar una terminología biológica y bioquímica, y la ontología génica, que permitirá a los socios mantener actualizado el vocabulario controlado; - aplicación de un vocabulario controlado para la terminología biológica y bioquímica en las bases de datos de los socios de BioBabel; - clasificación rigurosa de los datos de las bases sobre la secuencia de la proteína, la firma proteínica, las enzimas, sus funciones con los términos de la ontología génica; - desarrollo y aplicación de nuevas herramientas de acceso y recuperación de datos que permitirán a los investigadores explotar al máximo los datos incluidos en las bases de datos que participan el proyecto. Biobabel ha conseguido su objetivo de mejorar la interoperabilidad de las bases de datos biológicas mediante la mejora de la normalización de la terminología bioquímica, y a través de la introducción de ontologías compartidas que permitirán a los usuarios realizar consultas más complejas en las bases de datos de forma mucho más simple. Los socios de Bio Babel introdujeron la ontología normalizada en todas las bases de datos que producen y mantienen. El acceso a estas bases de datos altamente interoperables de secuencia, de genómica, de motivos estructurales de las proteínas, de enzimas, y de nomenclatura permitirá a los investigadores tener un mayor conocimiento sobre la estructura y función de los genes y las proteínas, y relacionarlas con el corpus existente de conocimientos científicos.