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BioBabel-Projekt erstellt gemeinsame Ontologie für biologische Attribute

Das Europäische Institut für Bioinformatik (EBI) hat den erfolgreichen Abschluss von BioBabel bekannt gegeben, einem Projekt, das die Entwicklung eines kontrollierten Vokabulars und einer gemeinsamen Ontologie zur Beschreibung biologischer Attribute in biologischen Datenbanken...

Das Europäische Institut für Bioinformatik (EBI) hat den erfolgreichen Abschluss von BioBabel bekannt gegeben, einem Projekt, das die Entwicklung eines kontrollierten Vokabulars und einer gemeinsamen Ontologie zur Beschreibung biologischer Attribute in biologischen Datenbanken umfasst. Das Projekt wurde von der EU unter dem vorrangigen Themenbereich "Lebensqualität und Management lebender Ressourcen" des Fünften Rahmenprogramms gefördert. BioBabel, das von Dezember 2001 bis November 2004 lief, wurde vom EBI (VK) koordiniert; die Projektpartner kamen aus dem Schweizer Institut für Bioinformatik, dem Institut für Biochemie der Universität Köln und dem Nationalen Pharmazeutischen Biotechnologiezentrum für Biochemie des Trinity College (Irland). Der vollständige Titel des Projekts lautete 'Enhanced interoperability of biological databases by standardisation of biochemical terminology and introduction of a shared ontology' (Verbesserte Interoperabilität biologischer Datenbanken durch die Standardisierung biochemischer Terminologie und die Einführung einer gemeinsamen Ontologie). Es führte die unterschiedlichen Stärken europäischer Gruppen zusammen, die zu diversen Aspekten der Standardisierung biochemischer Terminologie in Datenbanken arbeiten. Ziel des Projekts war die Entwicklung und Umsetzung eines kontrollierten Vokabulars und einer gemeinsamen Ontologie zur Beschreibung biologischer Attribute in biologischen Datenbanken. Warum brauchen Wissenschaftler standardisierte Vokabularien? Biologische Datenbanken beschreiben ein breites Spektrum an Informationen. Ihre Vielfältigkeit macht die Datenbankintegration zu einem schwierigen Unterfangen. Das BioBabel-Projekt ermöglichte die Entwicklung und Umsetzung gemeinsamer Ontologien zur Beschreibung biologischer Attribute in diesen Datenbanken. Ontologien können als Systeme zur Darstellung von Wissen definiert werden. Hier bedeutet dies die Darstellung von Modellen und Hypothesen in rechnerkompatiblen Begriffen. Diese Arbeit wird den Nutzern komplexe Abfragen von mehreren Datenbanken gleichzeitig ermöglichen. Die Projektpartner hatten sich zum Ziel gesetzt, eine standardisierte Terminologie in allen Datenbaken umzusetzen, die sie erstellen und pflegen. Das Projekt bestand aus 12 Arbeitspaketen in sechs verschiedenen Klassen: - Forschung und Entwicklung eines kontrollierten Vokabulars für biologische und biochemische Terminologie; - Forschung und Entwicklung eines strukturierten kontrollierten Vokabulars; die Genontologie (GO) zur Beschreibung von Genprodukten hinsichtlich ihrer molekularen Funktion; biologische Rolle und zelluläre Lokalisierung; - Entwicklung und Umsetzung eines Datenbanksystems zur Speicherung des kontrollierten Vokabulars für biologische und biochemische Terminologie und Genontologie, das es den Partnern ermöglicht, das kontrollierte Vokabular laufend zu aktualisieren; - Implementierung eines kontrollierten Vokabulars für biologische und biochemische Terminologie in den Datenbanken der BioBabel-Partner; - rigorose Klassifizierung von Daten in Datenbanken zu Proteinsequenzen, Proteinsignatur, Enzym- und Enzymfunktionen mit GO-Begriffen; - Entwicklung und Umsetzung neuer Zugriffs- und Suchwerkzeuge, die es den Forschern ermöglichen, maximales Wissen aus den Daten in den am Projekt teilnehmenden Datenbanken zu ziehen. BioBabel hat sein Ziel erreicht, nämlich die Interoperabilität biologischer Datenbanken erstens durch die Verbesserung der Standardisierung zu erhöhen, und zweitens durch die Einführung gemeinsamer Ontologien, die den Nutzern komplexe Abfragen von mehreren Datenbanken gleichzeitig erleichtern. Die BioBabel-Partner haben die standardisierte Ontologie in allen Datenbanken eingeführt, die sie erstellen und pflegen. Der Zugriff auf diese hoch interoperablen Sequenz-, Genom-, Proteinmotiv-, Enzym- und Nomenklaturdatenbanken ermöglicht es den Forschern, Informationen über die Struktur und Funktion von Genen und Proteinen abzuleiten und diese in Bezug zu dem bestehenden Korpus an wissenschaftlichem Wissen zu setzen.

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