De nouvelles initiatives aideront les scientifiques à comparer les données plus facilement
Des scientifiques du monde entier pourront bientôt partager et comparer les données moléculaires détaillées plus facilement, grâce aux initiatives entreprises par deux groupes internationaux de scientifiques. Dans leur article publié dans la revue Nature Biotechnology, les groupes présentent les lignes directrices concernant les informations que les chercheurs devraient fournir lorsqu'ils font état d'interactions moléculaires (MIMIx - the minimum information required for reporting a molecular interaction experiment - le minimum d'informations requises lors d'une expérimentation d'interaction moléculaire) et la protéomique (MIAPE - the minimum information about a proteomics experiment - le minimum d'informations requises lors d'une expérimentation sur la protéomique). Un grand nombre de recherches sont menées dans ces domaines. Cependant, les données fournies sont souvent présentées sous différents formats ou même simplement sous forme de texte libre. Par ailleurs, de nombreux rapports manquent d'informations nécessaires pour comprendre l'expérimentation dans son intégralité, et, trop souvent, les molécules ne sont pas clairement identifiées. «L'absence d'informations clés peut conduire à une interprétation erronée de l'article de la part des scientifiques, mais également à une tentative de puiser les informations manquantes auprès d'une équipe en charge d'une base de données, ce qui implique une perte de temps et conduit à des erreurs», écrit l'équipe MIMIx. Les nouvelles lignes directrices ont été établies en consultation avec les communautés scientifiques, et ont été mises au point en gardant ces deux critères à l'esprit. D'une part, elles incitent les scientifiques à fournir suffisamment d'informations pour que les autres scientifiques puissent comprendre et interpréter l'intégralité des données. D'autre part, la procédure devrait être aussi simple que possible afin de ne pas dissuader les scientifiques de l'utiliser. «L'adoption d'un minimum de normes des rapports à l'échelle communautaire nous permettra à tous de profiter d'une identification plus facile et d'une utilisation des informations plus appropriées à nos propres domaines de recherche», a commenté Henning Hermjakob de l'Institut européen de bioinformatique du Laboratoire européen de biologie moléculaire, l'un des auteurs des deux articles. «Cette étape représente un grand pas en avant dans l'apport de référentiels en accès libre de la meilleure qualité possible.» Les lignes directrices de MIAPE consistent en un ensemble de modules concernant des technologies ou des groupes de technologie spécifiques. MIMIx est le premier module de MIAPE à être finalisé et publié, et d'autres ont été soumis à la publication. Entre autres, les lignes directrices de MIMIx concernant les interactions moléculaires demandent davantage d'informations concernant les méthodes expérimentales, les noms de toutes les molécules impliquées dans l'interaction, l'espèce de l'origine de la molécule et le rôle biologique de la molécule au sein de l'interaction. Enfin, l'utilisation d'un minimum de normes concernant les sources d'informations profitera à toute une gamme d'acteurs, notent les chercheurs. «L'adhérence à ces lignes directrices concernant les rapports donnera lieu à des publications plus claires et profitera à la communauté scientifique, tout en soutenant l'acquisition rapide et systématique de données d'interaction moléculaire au sein des bases de données publiques. L'accès aux données d'interaction de grande valeur n'en sera qu'amélioré», fait remarquer l'équipe de MIMIx. Selon l'équipe de MIAPE, les normes faciliteront le partage des données avec les collaborateurs, éviteront le risque de perte des informations en raison des mouvements de personnel et soutiendra l'évaluation des résultats générés il y a quelque temps. «Dans une ère d'expérimentations à l'échelle du génome et du protéome, nous devons absolument normaliser le contenu des rapports portant sur des expérimentations biologiques si nous désirons tirer le meilleur parti de nos activités», a conclu l'équipe MIAPE. «Nous espérons que ce document et les modules associés permettent de répondre aux besoins des chercheurs en protéomique et de l'intégralité de la communauté scientifique dans le domaine de la protéomique, en valorisant davantage les travaux individuels et du corpus général et divers auquel tant de scientifiques contribuent.»