Nowa inicjatywa pomoże naukowcom w łatwiejszym porównywaniu danych
Dzięki inicjatywie dwóch międzynarodowych grup naukowców badaczom na całym świecie będzie wkrótce łatwiej wymieniać i porównywać szczegółowe dane molekularne. W swoich artykułach w czasopiśmie "Nature Biotechnology" grupy te przedstawiają wytyczne dotyczące informacji, które powinni podawać badacze przy opisywaniu molekularnych interakcji ("MIMIx - the minimum information required for reporting a molecular interaction experiment") oraz danych z zakresu proteomiki ("MIAPE - the minimum information about a proteomics experiment"). W tych dziedzinach prowadzi się teraz bardzo dużo badań. Jednak dane podawane są często w różnych formatach albo nawet w postaci swobodnego tekstu. Ponadto w wielu sprawozdaniach brakuje informacji potrzebnych innym do pełnego zrozumienia doświadczenia i bardzo często zdarza się, że cząsteczki nie są określone w jasny sposób. Zdaniem autorów z zespołu MIMIx, "brak kluczowych informacji może prowadzić zarówno do błędnej interpretacji artykułu przez naukowców, jak i do czasochłonnej i nie zawsze trafnej próby uzyskania brakujących informacji przez zespół administrujący bazami danych". Nowe wytyczne powstały w konsultacji ze środowiskiem naukowym i opracowano je mając na uwadze dwa kryteria. Z jednej strony chodzi o to, żeby naukowcy dostarczali wystarczającej ilości informacji, które pozwoliłyby innym uczonym na pełne zrozumienie i zinterpretowanie danych. Z drugiej strony procedura nie powinna być na tyle uciążliwa, żeby naukowcy unikali jej stosowania. - Jeśli przyjmiemy w całym środowisku uzgodnione minimalne standardy opisywania wyników badań, wszyscy będziemy mogli uzyskać korzyści w postaci łatwiejszej identyfikacji i wykorzystania informacji, które są najbardziej przydatne w naszej własnej dziedzinie pracy - skomentował Henning Hermjakob z Europejskiego Instytutu Bioinformatyki Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej, który jest współautorem obydwu artykułów. - To jest kolejny krok w celu utworzenia ogólnodostępnych repozytoriów danych o jak najwyższej jakości. Wytyczne MIAPE składają się z zestawu modułów odnoszących się do konkretnych technologii lub grup technologii. MIMIx jest pierwszym modułem MIAPE, który ma zostać sfinalizowany i opublikowany, a inne zostały złożone do publikacji. W wytycznych MIMIx apeluje się między innymi o podawanie informacji dotyczących metod prowadzenia doświadczeń, nazw wszystkich cząsteczek biorących udział w interakcji, gatunków, z których pochodzą cząsteczki oraz biologicznej roli molekuły w interakcji. W efekcie końcowym na wprowadzeniu minimalnych standardów informacji skorzysta wiele podmiotów, zauważają badacze. "Opisywanie wyników badań zgodnie z tymi wytycznymi spowoduje, że publikacje będą bardziej przejrzyste i przydatne dla środowiska naukowego, a także będą sprzyjać szybszej systematycznej rejestracji danych dotyczących interakcji molekularnych, usprawniając tym samym dostęp do wartościowych danych na ten temat", piszą autorzy z zespołu MIMIx. Zdaniem członków zespołu MIAPE standardy te ułatwią wymianę danych z partnerami, pozwolą uniknąć ryzyka utraty informacji wskutek obracania nimi przez współpracowników oraz będą pomagać w ocenie wyników, które mogły być uzyskane dawniej. "W epoce doświadczeń na skalę genomu i proteomu oczywista staje się potrzeba standaryzacji treści sprawozdań z doświadczeń biologicznych, jeśli mamy w pełni wykorzystać wyniki naszych działań", kończy zespół MIAPE. "Mamy nadzieję, że ten dokument i towarzyszące mu moduły rozpoczną zaspokajanie tej potrzeby w przypadku badaczy zajmujących się proteomiką oraz całego środowiska pracującego w tej dziedzinie, zwiększając wartość zarówno prac indywidualnych, jak i ogólnego, zróżnicowanego korpusu, na który złożyła się praca wielu osób".