Neue Initiativen für einfacheren Datenvergleich
Dank der Initiativen zweier internationaler Wissenschaftlergruppen wird es Wissenschaftlern weltweit bald möglich sein, molekulare Daten leichter zu verbreiten und zu vergleichen. In ihrem Artikel in der Zeitschrift Nature Biotechnology stellt die Gruppe Leitlinien für die Bereitstellung von Informationen vor, die Forscher einhalten sollten, wenn sie über molekulare Interaktionen (MIMIx - minimum Information required for reporting a molecular interaction experiment) und Proteomik (MIAPE - the minimum Information about a proteomics experiment) berichten. In diesen Bereichen wird sehr viel Forschung betrieben. Allerdings werden die Daten oft in unterschiedlichen Formaten berichtet oder sogar als freier Text. Weiterhin fehlen für das vollständige Verständnis des Experiments bei vielen Berichten wichtige Informationen und viel zu oft sind die Moleküle nicht klar bestimmt. "Fehlende zentrale Informationen können bei den Wissenschaftlern zu falschen Interpretationen der Berichte und zu einem zeitaufwendigen, oft fehlerhaften Versuch führen, die fehlende Information durch die Kuratoren der Datenbank abzuleiten", schreibt das MIMIx-Team. Diese neuen Leitlinien wurden in Zusammenarbeit mit der Wissenschaftlergemeinschaft erstellt. Bei ihrer Entwicklung spielten zwei Kriterien eine zentrale Rolle. Einerseits sollen Wissenschaftler ausreichend Information für andere Wissenschaftler zu Verfügung stellen, damit diese die Daten voll und ganz verstehen und interpretieren können. Andererseits soll das Verfahren nicht so umständlich und umfangreich sein, dass Wissenschaftler es letztendlich nicht benutzen. "Indem die gesamte Gemeinschaft den vereinbarten Mindeststandard für die Berichterstattung annimmt, können wir alle von der einfacheren Identifizierung und Nutzung der Informationen profitieren, die für unsere eigenen Arbeitsbereiche Relevanz haben", kommentierte Henning Hermjakob vom Institut für Bioinformatik des Europäischen Laboratoriums für Molekularbiologie und Autor beider Papiere. "Das ist der nächste Schritt, um frei zugängliche Datenrepositorien von best möglicher Qualität zur Verfügung zu stellen." Die Leitlinien von MIAPE bestehen aus einem Modulsatz für spezifische Technologien oder Technologiegruppen. MIMIx ist das erste Modul von MIAPE, das abgeschlossen und veröffentlicht werden soll. Andere wurden zur Veröffentlichung eingereicht. Unter anderem fordern die MIMIx-Leitlinien über molekulare Interaktionen, Angaben über die Versuchsmethoden, die Bezeichnungen der betroffenen Moleküle, die Spezies, aus denen diese Moleküle stammen, und die biologische Rolle des Moleküls bei der Interaktion. Den Forschern zufolge wird der Gebrauch von Mindestinformationsstandards letztendlich vielen Akteuren nutzen. "Die Befolgung dieser Leitlinien für die Berichterstattung wird zu Veröffentlichungen führen, die klarer sind und einen größeren Nutzen für die Wissenschaftlergemeinschaft haben. Sie sollen die rasche und systematische Erfassung von Daten zu molekularen Interaktionen in öffentlich zugänglichen Datenbanken unterstützen, wobei der Zugang zu wertvollen Interaktionsdaten verbessert wird", schreibt das MIMIx-Team. Das MIAPE-Team ist davon überzeugt, dass diese Standards die Weiterreichung von Daten an Mitarbeiter erleichtern, das Risiko des Informationsverlustes durch Mitarbeiterfluktuation eindämmen und die Bewertung von Ergebnissen, die vielleicht schon vor langer Zeit erlangt wurden, unterstützen werden. "Wenn wir den gesamten Wert unserer Aktivitäten voll ausschöpfen wollen, besteht im Zeitalter der Genom- und Proteomexperimente die Notwendigkeit zur Standardisierung der Inhalten von Berichten zu biologischen Experimenten" schließt das MIAPE-Team. "Wir hoffen, dass dieses Dokument und die dazugehörigen Module dieses Bedürfnis der Proteomikforscher und der Proteomikgemeinschaft insgesamt erfüllen werden, wodurch der Wert sowohl der einzelnen Arbeiten als auch des allgemeinen mannigfaltigen Corpus, zu dem sie beitragen, gesteigert wird."