Une nouvelle stratégie de séquençage de l'ADN vitale en période de déclaration de maladies
Une équipe de scientifiques financée par l'UE a mis au point une stratégie permettant d'identifier rapidement les propriétés génétiques de souches bactériennes virulentes. De telles techniques seront essentielles au traitement efficace d'une épidémie liée à une nouvelle souche de maladie ou une attaque bioterroriste. À l'aide de technologies traditionnelles de séquençage de l'ADN, des chercheurs ont réussi à séquencer les génomes de plus de 450 espèces de bactéries, dont des souches représentatives des principaux agents pathogènes humains. Toutefois, ce processus est extrêmement lent. Dans le cas d'une éruption ou d'une attaque terroriste, les scientifiques doivent déterminer le génome de l'agent pathogène le plus rapidement possible afin de déterminer les gènes de virulence ou ceux résistant aux médicaments dont la bactérie dispose. Récemment, des techniques permettant aux scientifiques de séquencer un génome bactérien dans sa totalité (et ce en l'espace de quelques heures) ont été développées. Cependant, les dernières étapes requises pour un séquençage complet prennent beaucoup de temps. Dans cette étude récente, des scientifiques français et suédois se sont penchés sur la question suivante: suffisamment d'informations permettant de réagir face à une éruption pourraient-elles être obtenues en utilisant un génome incomplet rapidement séquencé et en le comparant à des génomes existants de la même espèce? Leurs résultats sont publiés en ligne dans la revue Genome Research. Les scientifiques ont testé leur théorie sur une souche de Francisella tularensis, une bactérie hautement infectieuse responsable de la tularémie. Les personnes peuvent contracter la maladie de différentes façons: une piqûre de tique infectée, un contact avec des cadavres d'animaux infectés ou la consommation/l'absorption d'un aliment ou d'eau contaminés. Parmi les symptômes, citons la fièvre, les maux de tête, la diarrhée, des douleurs dans les muscles et les articulations ainsi qu'une faiblesse progressive. S'ils ne sont pas traités immédiatement, l'issue peut être fatale. Les scientifiques ont utilisé cette souche pour une raison précise; en effet, tout porte à croire que cette bactérie pourrait être génétiquement manipulée en vue d'être utilisée comme arme biologique. «Dans le cas d'une éruption, une approche rapide pourrait aider à identifier immédiatement les déterminants génétiques responsables d'une virulence ou d'une transmission modifiée», a expliqué le Dr. Bernard La Scola de l'université de la Méditerranée en France. Le Dr. La Scola et ses collègues ont utilisé la technologie de séquençage rapide afin d'obtenir le génome d'une souche de F. tularensis prélevée chez un patient souffrant de tularémie. Ils ont pu identifier un certain nombre de gènes liés à la virulence ainsi qu'une mutation associée à la résistance à la quinolone. Les chercheurs ont également distingué leur souche de 80 autres souches de F. tularensis. «Cette stratégie s'est révélée efficace dans la détection de polymorphismes géniques, tels que la modification génique responsable de la résistance aux antibiotiques, et d'une perte du matériel génétique», a commenté le Dr La Scola. D'après l'équipe, avec suffisamment de chercheurs travaillant sur le projet, la période partant de l'extraction de l'ADN jusqu'à l'analyse complète du génome pourrait se limiter à six semaines seulement. Le Dr Scola estime que des progrès futurs dans le logiciel utilisé pour analyser et comparer des séquences de génomes pourraient réduire davantage ce laps de temps. Cette recherche a bénéficié du soutien du réseau d'excellence EuroPathoGenomics financé par l'UE au titre du domaine thématique «Sciences de la vie, génomique et biotechnologie pour la santé» du sixième programme-cadre (6e PC).
Pays
France, Suède