Des chercheurs décodent le génome d'une espèce de nématode
Un projet de recherche transatlantique est parvenu à décoder le génome du nématode Pristionchus pacificus. Les travaux, menés par les scientifiques de l'Institut Max Planck pour la biologie du développement en Allemagne en collaboration avec leurs homologues américains de l'Institut national de recherche sur le génome humain à Saint Louis, offrent au monde une vue de l'intérieur de l'évolution du parasitisme; notamment en sensibilisant le public aux interactions complexes entre l'hôte et le parasite. Leurs résultats ont récemment été publiés dans la revue Nature Genetics. Dirigée par le professeur Ralf J. Sommer, un chercheur du campus Max Planck à Tübingen, en Allemagne, l'équipe de recherche a découvert que le génome des nématodes, des vers au corps non segmenté capable de s'allonger, possède un nombre étendu de gènes ayant des fonctions assez inattendues. Les chercheurs ont expliqué que plusieurs gènes servent à décomposer les substances nécessaires à l'organisme pour survivre dans un habitat étranger ou même des substances néfastes pour ces petites bêtes. Le cas étudié était Pristionchus pacificus, dont les hôtes de prédilection sont les coléoptères, qu'il utilise comme abri et moyen de transport. Le fait que le nématode se nourrisse de champignons et de bactéries trouvées dans la carcasse de l'insecte à sa mort est également intéressant. D'après les chercheurs, les nématodes sont les premiers de leur groupe dans le royaume animal en termes de taille. Il existe plus d'un million d'espèces différentes de ces vers sur la planète; certains mènent une vie de parasites, tandis que d'autres sont des pathogènes pour les êtres humains, les animaux et les plantes, expliquent les chercheurs. Des études antérieures avaient démontré qu'il existait sept différentes formes de parasitisme dans le groupe des nématodes. Un sujet d'étude populaire est le nématode Caenorhabditis elegans, dont le génome a été séquencé il y a une dizaine d'années. L'étude qui nous concerne a fait ressurgir à la surface le génome d'une autre espèce de nématode: l'organisme modèle Pristionchus pacificus. D'après les résultats de l'étude, Pristionchus pacificus peut choisir différents coléoptères pour sa vie parasitaire (par exemple, le bousier, l'hanneton ou le doryphore) afin de s'assurer qu'il aura toujours de la nourriture et un abri, même après la mort de l'insecte. Les chercheurs expliquent que l'habitat de Pristionchus pacificus varie lorsque celui-ci utilise l'animal comme abri. Par exemple, les insectes contiennent des substances toxiques qui forcent les nématodes à se protéger pour leur sécurité. Les chercheurs ont découvert qu'ils réussissent à survivre grâce à leur génome. En effet, celui-ci, constitué de 170 mégabases, contient plus de 23500 gènes capables de coder les protéines. Ce nombre est largement plus important que les 12000 gènes retrouvés par exemple dans la filaire de Malaisie (Brugia malayi), un parasite humain. «Le nombre important de la population des Pristionchus est partiellement dû à la duplication des gènes,» explique le professeur Sommer. «Parmi ces gènes, un certain nombre permettent de décomposer les substances toxiques, et permettent donc la survie du ver dans l'écosystème complexe des insectes.» Le professeur Sommer parle également de l'importance de l'utilisation des données de séquençage. «Nous pouvons déterminer la manière selon laquelle Pristionchus s'est adapté à un habitat spécifique», ajoute-t-il. «Cela nous apportera sans aucun doute de nouvelles informations sur l'évolutions du parasitisme».
Pays
Allemagne, États-Unis