Des chercheurs financés par l'UE s'attaquent au cancer du col de l'utérus
Le cancer du col de l'utérus est le second cancer le plus fréquent dans le monde. Rien qu'en Europe, il est diagnostiqué chez environ 60000 femmes, et son issue est fatale dans près de la moitié des cas. Il est difficile de soigner la maladie lorsqu'elle n'est pas détectée et traitée assez tôt. Le projet ASSIST (Association studies assisted by inference and semantic technologies), financé par l'UE à hauteur de 2,63 millions d'euros, vise à éliminer cette difficulté en créant un lien technologique entre les centres médicaux spécialisés dans le diagnostic et le traitement de ce cancer, en facilitant l'échange de données, et en réalisant un référentiel plus vaste. Les scientifiques conviennent que le virus du papillome humain (VPH, ou papillomavirus humain) est le principal facteur de risque du cancer du col de l'utérus, mais il n'est pas le seul coupable. Les chercheurs ont ainsi étudié le rôle des facteurs génétiques et environnementaux sur la persistance du VPH et la progression de la maladie. Les études précédentes avaient donné des indications sur les mécanismes pathogénétiques susceptibles de conduire à de nouveaux marqueurs de risque, de diagnostic et de pronostic, ainsi qu'à de nouvelles cibles thérapeutiques. Le projet ASSIST s'est attaché à combiner les différents types de données recueillies par les chercheurs, à automatiser l'évaluation des hypothèses médicales, à réaliser un moteur d'inférence capable de réaliser une évaluation statistique des données, à regrouper les dossiers des patients des institutions participantes; et à mettre au point des outils graphiques et expressifs afin que les chercheurs médicaux puissent soumettre leurs requêtes. Pour identifier les facteurs des maladies, les chercheurs médicaux s'appuient sur les études d'association. Ils évaluent ainsi les données cliniques provenant des hôpitaux, les données concernant le style de vie (notamment le tabagisme et les habitudes alimentaires), et les données génétiques. Ils comparent également ces données avec celles concernant des personnes en bonne santé. «Nous cherchons à donner aux chercheurs médicaux, dans les hôpitaux spécialisés et les centres médicaux, l'accès aux données de tous leurs confrères, et la possibilité d'associer ces données en un plus grand ensemble de travail», déclare le professeur Pericles Mitkas, de l'Informatics and Telematics Institute du Centre for Research and Technology Hellas, en Grèce. «Le problème est que chaque hôpital utilise ses propres formats et règles de stockage des données, même pour des tests totalement identiques», déclare le coordinateur du projet. «Et dans un même hôpital, chaque médecin peut avoir sa façon de faire les choses.» Le professeur Mitkas souligne que la plus grande réussite du projet ASSIST a été de renforcer le dialogue entre les médecins, les biologistes moléculaires et les informaticiens. «Ils communiquent désormais, et finissent par comprendre leurs langages techniques respectifs.» Trois hôpitaux (en Belgique, Allemagne et Grèce) ont participé à la première partie du projet. L'équipe de chercheurs a commencé par convenir d'une terminologie commune, de la représentation des données et de leur mode de stockage, puis elle a mis au point un prototype de plateforme logicielle, pour s'assurer que les chercheurs reçoivent les données dans le format demandé. «Nous utilisons une représentation sémantique, dans laquelle nous attribuons une interprétation à chaque valeur, afin d'aider l'ordinateur à comprendre à quoi fait référence chaque valeur», déclare le chef du projet. «Nous facilitons également l'interprétation de termes subjectifs tels que 'risque élevé', 'risque faible', 'cas sérieux' ou 'cas bénin', et nous utilisons des méthodes d'inférence basées sur un ensemble de règles médicales fournies par des médecins, afin que l'ordinateur puisse déterminer les résultats les plus intéressants», ajoute-t-il. «Ainsi, les résultats des biopsies sont plus concluants que ceux des frottis, et peuvent révéler une étape précoce du cancer que ne verrait pas un frottis.» Le prototype ASSIST a donné aux chercheurs l'accès aux dossiers de patients des services de gynécologie et d'obstétrique des trois hôpitaux. «Nous ajoutons des fonctionnalités au fur et à mesure, mais les médecins disposent déjà d'un outil pour travailler et évaluer», ajoute le professeur Mitkas. «Par la suite, en comprenant la progression de la maladie et les facteurs qui l'influencent, les médecins pourront la diagnostiquer plus tôt, la prévenir en conseillant leurs patients, et mettre au point des médicaments ou des procédures pour la soigner», déclare-t-il «Mais ASSIST est avant tout un outil destiné aux chercheurs médicaux, et ses résultats seront au service de toutes les femmes.»