Naukowcy finansowani ze środków unijnych walczą z rakiem szyjki macicy
Rak szyjki macicy jest drugim najczęściej występującym rodzajem raka na świecie. Każdego roku w samej tylko Europie chorobę tę diagnozuje się u około 60.000 kobiet, z czego około połowa przypadków okazuje się śmiertelna. Zduszenie choroby w zarodku jest trudne, jeżeli nie jest odpowiednio wcześnie wykryta i leczona. Finansowany ze środków unijnych na kwotę 2,63 mln EUR projekt ASSIST (Badania asocjacyjne wspierane przez technologie inferencyjne i semantyczne) ma na celu rozwiązanie tego problemu poprzez budowanie mostów technologicznych między ośrodkami medycznymi specjalizującymi się w diagnozowaniu i leczeniu raka szyjki macicy oraz wspieranie wymiany danych i rozbudowę magazynu danych. Choć naukowcy przyznają, że wirus brodawczaka ludzkiego (HPV) jest głównym czynnikiem ryzyka w przypadku raka szyjki macicy, zgadzają się także z tym, że nie jest jednym. Naukowcy analizowali rolę konkretnych czynników genetycznych i środowiskowych w determinowaniu odporności HPV i późniejszego postępowania choroby. Wcześniejsze badania wskazywały na mechanizmy patogeniczne, które mogłyby dostarczyć nowych znaczników ryzyka, diagnozy i prognozy oraz ewentualnie poprowadzić do nowych celów terapii. Projekt ASSIST zmierza do połączenia różnych rodzajów danych zebranych przez naukowców; zautomatyzowania procesu ewaluacji hipotez medycznych; stworzenia silnika inferencyjnego, który potrafi przetworzyć materiał od strony statystycznej; zebrania razem magazynów z danymi pacjentek instytucji uczestniczących w projekcie; oraz opracowania narzędzi graficznych dla naukowców prowadzących badania medyczne, aby za ich pomocą mogli zamieszczać swoje zapytania. Naukowcy prowadzący projekty medyczne korzystają z badań asocjacyjnych w celu zidentyfikowania czynników, które są wspólne dla różnych chorób. Uwzględniają dane kliniczne z badań szpitalnych, dane nt. trybu życia (np. o paleniu tytoniu i sposobie odżywiania się) oraz dane genetyczne. Porównują również dane pacjentek z danymi kobiet zdrowych. "Naszym celem jest umożliwić prowadzącym naukowe badania medyczne w specjalistycznych szpitalach i centrach medycznych wzajemny dostęp do swoich danych, które można połączyć w większy zbiór do wykorzystania podczas prowadzonych prac" - mówi profesor Pericles Mitkas z Centrum Badań i Technologii - Hellas, Instytut Informatyki i Telematyki, Grecja. "Problem w tym, że każdy szpital korzysta z różnych formatów, różnych reguł przechowywania danych, nawet w przypadku tych samych badań" - komentuje koordynator projektu. "Nawet w jednym szpitalu każdy lekarz może stosować własne praktyki w tym zakresie." Jak zauważa profesor Mitkas, największym dotychczasowym sukcesem projektu ASSIST jest pogłębienie dialogu między lekarzami, biologami molekularnymi i informatykami. "Rozmawiają ze sobą i w końcu zaczynają wzajemnie rozumieć swoje technikalia" - wyjaśnia. W pierwszej części projektu wzięły udział trzy szpitale - z Belgii, Niemiec i Grecji. Po uzgodnieniu wspólnej terminologii i sposobu przedstawiania danych i uzyskiwania do nich dostępu, zespół badawczy opracował prototypową platformę programistyczną, dzięki której naukowcy otrzymują dane w żądanym formacie. "Korzystamy z reprezentacji semantycznej, czyli przypisujemy interpretacje poszczególnym wartościom, aby umożliwić komputerowi zrozumienie, do czego odnosi się każda z nich" - mówi kierownik projektu. "Stosujemy także interpretację wartości subiektywnych, jak np. wysokie lub niskie ryzyko czy poważny lub lekki przypadek, a także techniki inferencyjne, opierające się na zbiorze reguł medycznych podanych przez lekarzy, aby umożliwić komputerowi rozróżnienie, które wyniki są ważniejsze od innych" - dodaje. "Na przykład, wyniki biopsji będą bardziej rozstrzygające niż wyniki testu PAP i mogą wskazać na stan przedrakowy, którego PAP nie wykazał." Prototypowa platforma ASSIST umożliwiła naukowcom dostęp do danych pacjentek z oddziałów ginekologicznych i położniczych trzech szpitali. "Ciągle dodajemy nowe funkcje, ale przynajmniej lekarze mają już teraz coś, z czym można pracować i co można analizować" - mówi profesor Mitkas. "Wraz z rozwojem projektu, zrozumienie ścieżki choroby i czynników, jakie na nią wpływają, pomoże poszczególnym lekarzom na wcześniejszą diagnozę, profilaktykę poprzez udzielanie wskazówek pacjentkom, a także opracowanie leków i procedur terapeutycznych" - dodaje. "Ale ASSIST to przede wszystkim narzędzie dla naukowców prowadzących badania medyczne, których wyniki przyniosą pożytek wszystkim kobietom."