Un nouveau séquençage amélioré du génome de la souris aide à faire la différence entre l'homme et la souris
Des scientifiques en Suède, au Royaume-Uni et aux États-Unis ont présenté une version radicalement améliorée du génome complet de la souris dans le cadre d'une nouvelle étude. Cette dernière permettra aux chercheurs de différencier plus clairement les gènes humains de ceux des souris. Leurs résultats, publiés dans la revue PLoS Biology, permettront d'encourager l'utilisation de la souris comme modèle pour les maladies humaines. Selon les auteurs, la souris (Mus musculus) jouit d'une position unique dans l'étude de la génétique et de la génomique (l'étude des séquences ADN) et est importante dans l'étude des maladies humaines. «Il s'agit du premier modèle animal pour les maladies humaines et le développement ainsi que du génome mammifère auquel l'ADN humain, les gènes et les génomes sont le plus souvent comparés», peut-on lire dans l'étude. Il est d'une importance vitale que les scientifiques puissent travailler avec une séquence génomique précise dans le cadre de travaux de recherche biomédicale. En 2002, la même équipe de chercheurs a publié une première séquence du génome de la souris qu'ils ont assemblé à l'aide du Whole Genome Sequence and Assembly (WGSA). Forts de cette connaissance, les scientifiques ont pu pour la première fois comparer les séquences d'ADN de souris et d'humains. Mais cette séquence du génome a présenté 176000 différences et manques, et certaines parties du génome étaient, semble-t-il aujourd'hui, positionnées de façon incorrecte. L'équipe a concentré ses efforts pour parvenir à combler les trous afin que tout soit bien en place. «Rien qu'en expliquant la raison de ces gènes manquants nous pourrions obtenir une compréhension complète de la biologie qui fait la différence entre ces deux espèces», écrivent-ils. Les chercheurs décrivent désormais un assemblage du génome de la souris d'une qualité beaucoup plus élevée, appelé «Build 36». Il a été assemblé à travers l'alignement des clones individuels se chevauchant, parties intégrantes du génome, et est parvenu à combler plus de 175000 des disparités du premier génome. Le résultat était une illumination de l'architecture du génome, et une image plus complète des gènes appartenant à la souris. La recherche révèle qu'il existe davantage de différences génétiques entre les deux espèces que l'on ne le pensait auparavant: humains et souris possèdent 4/5 de leurs gènes en commun. Comprendre ces différences permettra aux chercheurs de séparer de façon plus précise les gènes que les humains partagent avec les souris de ceux que l'on trouve exclusivement chez les souris. «Rétrospectivement, notre vision précédente du génome de la souris était incomplète. Lorsque les parties manquantes du puzzle génomique ont été complétées, nous avons réalisé que nous avions omis de nombreux gènes présents uniquement chez les souris, et non chez les humains», a déclaré le Dr Leo Goodstadt du Medical Research Council (MRC) Functional Genomics Unit au Royaume-Uni. D'après la nouvelle étude, le premier assemblage était, par comparaison, bon marché et facile à produire. De nombreux autres génomes ont depuis été séquencés de la même façon. Mais le coût pour le finissage de l'assemblage d'un génome représente «normalement au moins quatre fois le coût de la production d'assemblages en utilisant le séquençage traditionnel Sanger», lit-on dans l'étude. Elle poursuit, «Toutefois, notre analyse de l'assemblage fini du génome de la souris montre clairement que les premiers WGSA refléteront toujours pauvrement la biologie spécifique au lignage.» «Ces nouvelles découvertes sont extrêmement importantes dans le cadre de notre tentative à séparer les gènes à la base de la biologie identique pour tous les mammifères depuis les gènes qui font les humains et les souris si différents les uns des autres», a ajouté le professeur Chris Ponting de l'université d'Oxford au Royaume-Uni. La Dr Deanna Church du National Center for Biotechnology Information des Instituts nationaux de la santé aux États-Unis a déclaré que le génome de la souris récemment publié «nous permettra de rejeter quelques idées fausses et, plus important encore, de révéler de nombreux secrets cachés jusqu'à présent de la biologie des souris».
Pays
Suède, Royaume-Uni