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La majeure partie du génome de la dinde séquencée

Une équipe internationale de chercheurs a séquencé plus de 90% du génome de la dinde domestique (Meleagris gallopavo). Les détails du génome, publiés dans la revue PLoS [Public Library of Science] Biology, ont mis en lumière la biologie aviaire et permettraient aux éleveurs de...

Une équipe internationale de chercheurs a séquencé plus de 90% du génome de la dinde domestique (Meleagris gallopavo). Les détails du génome, publiés dans la revue PLoS [Public Library of Science] Biology, ont mis en lumière la biologie aviaire et permettraient aux éleveurs de dindes de produire de meilleures volailles. Les travaux ont été partiellement soutenus dans le cadre du projet QUANTOMICS («From sequence to consequence - tools for the exploitation of livestock genomes»), financé à hauteur de 6 millions d'euros au titre du thème «Alimentation, Agriculture & Pêche, Biotechnologie» du septième programme-cadre (7e PC) de l'UE. Les génomes des oiseaux possèdent généralement un faible nombre de grands chromosomes (appelés «macrochromosomes»), et un nombre de plus petits «microchromosomes». Les chercheurs ont séquencé 93% du génome de la dinde, découvrant ainsi quelque 16 000 gènes; la majorité des données provenait des 10 macrochromosomes de l'oiseau. À l'heure actuelle, l'équipe cherche toujours la meilleure façon de séquencer les microchromosomes. «Nous avons déjà décrit des milliers de gènes qui étaient inconnus aux ornithologues», commente l'auteur principal de l'étude, Rami Dalloul du Virginia Tech aux États-Unis. «À court terme, le séquençage du génome de la dinde permettra aux scientifiques de comprendre les gènes spécifiques importants au rendement et à la qualité de la viande, la bonne santé et la résistance à la maladie, la fertilité et la reproduction», ajoute le Dr Dalloul. «Par exemple, nous ignorons toujours le mécanisme des interactions entre les hôtes et les agents pathogènes. Les séquences du génome nous permettront de mieux comprendre ce processus qui, à son tour, nous aidera à mieux prévenir et traiter les maladies.» Enfin, les résultats mèneraient au développement d'outils qui permettraient aux éleveurs d'élever des dindes plus minces à la texture et au goût améliorés. Le génome de la dinde peut également avoir des implications dans le domaine médical. Au même titre que les humains, les dindes sont sujettes à la maladie appelée myocardiopathie dilatée, qui affaiblit le coeur et l'agrandit, affectant ainsi sa capacité à pomper le sang dans le corps. Les chercheurs s'intéressent également à la sensibilité élevée des dindes aux aflatoxines. Ces carcinogènes naturels qui détruisent le système immunitaire sont produits par des champignons. La dinde est le troisième oiseau dont le génome a été séquencé, précédés par le poulet domestique et le diamant mandarin. La comparaison du génome de la dinde et du poulet souligne la stabilité relative des génomes des gallinacés (l'ordre d'oiseaux auquel les deux espèces appartiennent). Selon les chercheurs, près de 10% du génome de la dinde se trouve en condition de «contrainte sélective», chiffre qui atteint à peine 5% chez les mammifères. De plus, les génomes de poulet et de dinde sont très proches, bien que les deux espèces se soient séparées à deux reprises tout comme la souris et le rat, ou l'homme et le gibbon. En comparant les génomes des volailles à celui des ornithorynques, un mammifère ovipare, on constate certaines fonctions communes à tous les mammifères ovipares, mais aussi d'autres spécifiques aux oiseaux ovipares. De plus, les oiseaux sont dépourvus de gènes nécessaires à l'apparition de traits tels que la dentition. Les yeux fixés sur l'avenir, les chercheurs désirent étudier l'impact de la domestication sur les génomes de la dinde et du poulet; après tout, ces deux volailles ont été soumises à d'intenses pressions de sélection pour des traits similaires. Les travaux sur le génome de la dinde représentent un important progrès dans la recherche de séquençage de génome; pour la première fois, un génome d'eucaryote a été séquencé en associant des informations provenant de deux technologies de séquençage complémentaires sophistiquées. Par conséquent, le génome de la dinde a été séquencé plus rapidement que celui du poulet (qui a été publié en 2004), et ce à un prix bien plus bas. «Ce projet de génomique est le premier où la majorité des coûts de production a été investi dans l'analyse et l'interprétation plutôt que la génération des séquences», expliquent les chercheurs.

Pays

Allemagne, Espagne, Corée du Sud, Pays-Bas, États-Unis