Naukowcy publikują gros genomu indyka Międzynarodowy zespół naukowców przeprowadził sekwencjonowanie ponad 90% genomu indyka (Meleagris gallopavo). Szczegóły genomu, opublikowane w czasopiśmie PLoS [Public Library of Science] Biology, rzucają nowe światło na biologię ptaków i mogą pomóc hodowcom indyków w podniesi... Międzynarodowy zespół naukowców przeprowadził sekwencjonowanie ponad 90% genomu indyka (Meleagris gallopavo). Szczegóły genomu, opublikowane w czasopiśmie PLoS [Public Library of Science] Biology, rzucają nowe światło na biologię ptaków i mogą pomóc hodowcom indyków w podniesieniu jakości swojej produkcji. Prace zostały w części dofinansowane przez UE za pośrednictwem projektu QUANTOMICS (Od sekwencji do konsekwencji - narzędzia do badania genomów zwierząt hodowlanych), który został dofinansowany na kwotę 6 mln EUR z tematu "Żywność, rolnictwo, rybołówstwo i biotechnologia" Siódmego Programu Ramowego (7PR) UE. Genomy ptaków mają zazwyczaj mniejszą liczbę dużych chromosomów (nazywanych "makrochromosomami") i większą liczbę mniejszych "mikrochromosomów". Do tej pory naukowcy przeprowadzili sekwencjonowanie 93% genomu indyka, odkrywając w trakcie tej pracy około 16.000 genów, z czego większość danych pochodzi z 10 makrochromosomów. Zespół nadal pracuje nad jak najlepszym sposobem sekwencjonowania mikrochromosomów. "Opisaliśmy już tysiące genów nieznanych wcześniej ornitologom" - komentuje naczelny autor artykułu, Rami Dalloul z Virginia Tech w USA. "W perspektywie krótkoterminowej sekwencja genomu indyka dostarczy naukowcom wiedzy na temat specyficznych genów, które są ważne dla produkcji mięsa i jego jakości, zdrowia, odporności na choroby, płodności i reprodukcji" - dodaje dr Dalloul. "Na przykład nie zawsze znamy mechanizm interakcji między żywicielem a patogenem. Sekwencja genomu umożliwi nam pełniejsze poznanie tego procesu, który z kolei da nam lepsze pojęcie o profilaktyce i leczeniu chorób." Ostatecznie odkrycia przełożą się na opracowanie narzędzi, które umożliwią hodowcom hodowanie chudego mięsa indyczego o podwyższonych walorach smakowych i estetycznych. Genom indyka może również mieć znaczenie dla branży medycznej. Podobnie jak ludzie, indyki są podatne na chorobę zwaną kardiomiopatią rozszerzeniową, w której serce staje się osłabione i powiększone, co wpływa na jego zdolność do skutecznego rozprowadzania krwi po organizmie. Naukowcy interesują się również wyjątkowo wysoką wrażliwością indyków na aflatoksyny. Te naturalnie występujące kancerogeny są wytwarzane przez grzyby i tłumią działanie układu immunologicznego. Indyk jest trzecim ptakiem, którego genom poddano sekwencjonowaniu, a pozostałe dwa to kura domowa i zeberka. Porównanie sekwencji genów indyka i kury wskazuje na względną stabilność genomów u grzebiących (rzędu ptaków, do którego należą obydwa gatunki). Zdaniem naukowców około 10% genomu indyka podlega "selektywnej presji", podczas gdy w przypadku ssaków ten wskaźnik wynosi zaledwie 5%. Ponadto genomy kury i indyka pozostają zbliżone, mimo że drogi tych gatunków rozeszły się dwa razy wcześniej niż myszy i szczurów czy ludzi i gibonów. Tymczasem porównanie genomu ptaków z genomem dziobaka, ssaka składającego jaja pokazuje, że podczas gdy niektóre funkcje są wspólne dla wszystkich ssaków składających jaja, inne są specyficzne dla ptaków składających jaja. Co więcej ptaki nie posiadają genów wymaganych do wykształcenia się takich cech ssaków jak zęby. Wybiegając w przyszłość naukowcy są zainteresowani zbadaniem, w jaki sposób udomowienie wpłynęło na genom kury i indyka, bowiem ptaki te są poddawane intensywnej presji selekcyjnej w zakresie podobnych cech. Prace nad genomem indyka stanowią również ważny postęp w sekwencjonowaniu genomu, gdyż po raz pierwszy genom eukariotyczny został poddany sekwencjonowaniu poprzez połączenie informacji z dwóch uzupełniających się technologii sekwencjonowania nowej generacji. Dzięki temu sekwencjonowania genomu indyka dokonano znacznie szybciej niż genomu kury (który został opublikowany w 2004 r.) przy znacznie niższych kosztach. "To pierwszy projekt genomu, w którym koszty produkcji zostały zainwestowane w analizę i interpretację, a nie w generowanie sekwencji" - oświadczyli naukowcy. Kraje Niemcy, Hiszpania, Korea Południowa, Niderlandy, Zjednoczone Królestwo, Stany Zjednoczone
