Les scientifiques identifient une séquence génétique de variantes structurelles
Une équipe internationale de chercheurs est parvenue à identifier la séquence génétique de 28 000 variantes structurelles (SV - structural variant). Cette étude révolutionnaire, présentée dans la revue Nature, dévoile la carte la plus détaillée de la variation structurelle au sein du génome humain. Les chercheurs pourraient, grâce à cette carte, déterminer les causes génétiques des maladies humaines et découvrir la raison pour laquelle certaines parties du génome humain mutent plus souvent que d'autres. À terme, les généticiens cliniques pourront limiter leurs recherches sur les mutations qui déclenchent les maladies. Les chercheurs ont évalué des données à partir de 185 génomes humains séquencés dans le cadre du projet «1000 Genomes», un effort de recherche international important lancé en 2008 afin d'établir la liste la plus détaillée des variations génétiques humaines. Ils ont mis le doigt sur plus de 1 000 SV, également connues sous l'appellation de variante de nombre de copies, qui interrompent la séquence d'un ou plusieurs gènes. «Connaître la séquence génétique exacte des SV et leur contexte dans le génome pourrait permettre de trouver les causes génétiques de maladies jusqu'à présent inexpliquées», fait remarquer Jan Korbel, chercheur au Laboratoire européen de biologie moléculaire (LEBM) à Heidelberg, en Allemagne, l'un des auteurs de l'étude. «Cela pourrait nous aider à comprendre pourquoi certaines personnes restent en bonne santé toute leur vie ou presque, alors que d'autres développent des maladies relativement jeunes.» Selon les chercheurs, les délétions et les insertions surviennent sur différents sites du génome et par des processus moléculaires variés. Les délétions surviennent là où le matériel génétique se perd, et les insertions là où le matériel est remporté. Ils expliquent que les délétions importantes apparaissent généralement dans des régions où l'ADN (acide désoxyribonucléique) se divise et doit être remis en place, étant donné le manque «de parties de matériel génétique». «Nous avons découvert 51 points où certains SV, telles que les grandes délétions, semblent apparaître particulièrement souvent», affirme le Dr Korbel. Il ajoute que «six de ces points chauds se trouvent dans des régions connues pour leur lien avec des maladies génétiques telles que le syndrome de Miller-Dieker, une maladie cérébrale congénitale pouvant conduire à la mort du nourrisson.» Des études antérieures ont lié les SV à diverses conditions génétiques, dont certaines formes de cancer et de daltonisme. Mais les chercheurs ne sont pas parvenus à identifier les SV, non seulement car elles sont relativement grandes en taille, mais également car leur séquence ADN est complexe. Dans cette étude, toutefois, les chercheurs sont parvenus à développer des approches computationnelles innovantes, leur permettant de déterminer les sites spécifiques de ces variations dans le génome. Leurs résultats sont donc un grand pas pour les études futures sur les maladies. «Il existe de nombreuses variantes structurelles dans les génomes de tous, et elles sont de plus en plus associées à divers aspects de la santé humaine», affirme le professeur Charles Lee, cytogénéticien clinique à la Harvard Medical School et Brigham et Women's Hospital aux États-Unis, et conjoint principal de l'étude. «Il est important de pouvoir identifier et caractériser totalement ces variantes génétiques à l'aide des technologies de séquençage de l'ADN de pointe.» Des scientifiques du Canada, de Chine, du Danemark, d'Allemagne, des Pays-Bas, des États-Unis, du Royaume-Uni ont énormément contribué à cette étude. Les données générées à partir de cette recherche sont mises à disposition de la communauté scientifique et du grand public au titre du projet «1000 Genomes». Les informations rassemblées par le projet «1000 Genomes» aideront toutes les disciplines, notamment la génétique, la médecine, la bioinformatique et la pharmacologie. Le projet, qui devrait prendre fin en 2012, séquencera 2500 génomes entiers.Pour de plus amples informations, consulter: LEBM Heidelberg: http://www.embl.de/ Projet «1000 Genomes»: http://www.1000genomes.org/ Revue Nature: http://www.nature.com/
Pays
Canada, Suisse, Allemagne, Danemark, Pays-Bas, Royaume-Uni, États-Unis