Une nouvelle technique permet de découvrir des points chauds du parasite du paludisme
Dans le cadre d'une étude originale révolutionnaire, une équipe internationale de scientifiques a créé un outil innovant pour identifier des points chauds de l'évolution des parasites du paludisme, et de suivre rapidement et efficacement l'augmentation de la résistance médicamenteuse au paludisme. Les résultats sont présentés dans la revue Nature. Dirigés par la Fondation Wellcome Trust de l'institut Sanger au Royaume-Uni, les chercheurs ont utilisé de nouvelles technologies de séquençage et des méthodes informatiques pour évaluer les génomes du paludisme sur les échantillons sanguins de 227 patients dans six pays. Ils ont identifié un certain nombre de différences quant à la façon dont le paludisme se développe en Afrique, en Asie et en Océanie. Les moustiques sont des vecteurs du parasite Plasmodium falciparum, responsable des formes graves d'infection du paludisme. Plus de 200 millions de personnes souffrent de paludisme et plus de 600 000 en meurent chaque année. Les enfants vivant en Afrique subsaharienne de cinq ans ou moins sont les plus affectés. «L'une des caractéristiques les plus frappantes de P. falciparum concerne sa capacité à évoluer et à surmonter les antipaludéens», expliquait l'auteur principal de l'étude, le professeur Dominic Kwiatkowski de la Fondation Wellcome Trust de l'institut Sanger au Royaume-Uni. «La chloroquine est devenue inefficace contre le paludisme et la résistance à d'autres médicaments de première intention émerge. Si nous voulons contrôler la résistance, nous devons tout d'abord pouvoir surveiller la diversité génétique de P. falciparum et identifier les points chauds de la résistance potentielle là où ils apparaissent. Le séquençage rapide des génomes du parasite dans le sang des personnes infectées est un moyen puissant de détecter les changements se produisant au sein de la population de parasites, et un outil de surveillance potentiellement important dans l'arsenal thérapeutique utilisé pour combattre le paludisme.» L'outil développé par l'équipe permet d'extraire du sang de la personne infectée l'ADN (acide désoxyribonucléique) du parasite. Les chercheurs peuvent aussi éliminer autant d'ADN humain de l'échantillon que possible. Grâce à cette technique, les chercheurs n'ont pas besoin de mettre en culture de sang le parasite avant le séquençage. Ainsi, le processus devient non seulement plus court, mais les erreurs de réplication sont également réduites. D'après l'équipe, le séquençage des génomes de P. falciparum est complexe car il faut séquencer l'ADN à plusieurs reprises, contrairement à l'ADN humain. Ainsi, la reconstruction à l'aide des méthodes de séquençage de l'ADN des séquences complètes de l'ADN du génome des parasites prend du temps, coûte et est sujette aux erreurs. Grâce aux données du séquençage utilisées pour générer la liste des changements de lettre d'ADN unique, ce que l'on appelle les polymorphismes à nucléotide unique (SNP, de l'anglais single nucleotide polymorphism), les chercheurs ont identifié et mesuré la variabilité dans des populations naturelles de parasites. «Nous avons établi la liste de 86000 SNP dans le génome du parasite, ce qui nous a permis de constater les différences entre les parasites partout dans le monde, un point de départ pour comprendre comment ces populations s'adaptent aux changements dans leur environnement», explique le Dr Magnus Manske, auteur adjoint principal de la fondation Wellcome Trust de l'institut Sanger. De son côté, le Dr Olivo Miotto, également de la Fondation Wellcome Trust de l'institut Sanger et de l'université d'Oxford et co-auteur principal, expliquait: «De nombreux patients atteints du paludisme, particulièrement en Afrique, sont constamment infectés par des parasites du paludisme; ainsi, nous avons créé un nouvel outil pour l'étude de la diversité génétique sur un seul patient et l'avons comparé à la diversité dans leur environnement.»Pour de plus amples informations, consulter: Fondation Wellcome Trust de l'institut Sanger: http://www.sanger.ac.uk/ Revue Nature: http://www.nature.com/
Pays
Royaume-Uni