Les Européens développent un logiciel ouvert au profit des sciences de la vie
Le traitement de données de bio-imagerie sera encore plus facile, grâce à un nouveau logiciel ouvert développé par une équipe de chercheurs allemands et finlandais pour la visualisation, le traitement et l'analyse d'images multidimensionnelles. En développement pendant ces dix dernières années, le logiciel BioImageXD facilite l'analyse des fonctions de cellules et tissus, dont le déplacement des molécules sur la surface cellulaire et leurs modes de liaison. Présentée dans la revue Nature Methods, l'étude a été financée en partie par une subvention au titre du septième programme-cadre (7e PC) de l'UE. Des chercheurs de Turku et de Jyväskylä en Finlande et de Dresde en Allemagne ont offert l'avantage au secteur des sciences de la vie en développant un logiciel permettant l'analyse de la composition de la surface cellulaire. Le logiciel permet également aux chercheurs de déterminer la vitesse de diffusion des cellules cancéreuses tridimensionnelles dans un environnement et de déterminer comment les virus et médicaments ciblés pénètrent dans une cellule, ce qui n'avait jamais été possible auparavant. La recherche en biosciences et en biomédecine s'est intensifiée, grâce aux travaux réalisés dans le domaine de l'imagerie de tissus et de cellules avec des microscopes innovants et spécialisés. Des technologies ultrasophistiquées offrent aux chercheurs la possibilité de mieux étudier les cellules vivantes. Mais les images microscopiques doivent être transformées en modèles en 3D pour être visualisées correctement. Ainsi, ces images en 3D offrent des informations essentielles, mais les données scientifiques fiables nécessitent des valeurs numériques pouvant être appliquées dans des calculs mathématiques, qui seront utilisés dans les ensembles de données. Par conséquent, les chercheurs allemands et finlandais ont travaillé au développement de spécifications précises pour un logiciel permettant le traitement de données d'images. L'élément essentiel du logiciel repose sur le principe de l'accès ouvert, pour qu'il soit accessible à tout chercheur. Et c'est ainsi qu'est né BioImageXD. BioImageXD permet aux chercheurs de générer de nouvelles méthodes d'analyses complètes, de traiter des myriades d'images en analysant simultanément des millions de molécules. Selon l'équipe de recherche, les tests comparatifs ont montré que BioImageXD est plus rapide et sensible que d'autres programmes similaires. L'équipe de recherche de l'université de Jyväskylä sous la direction de Jyrki Heino a démarré les travaux du logiciel il y a 10 ans. Les chercheurs ont procédé à l'affinement et à l'optimisation du logiciel. Pasi Kankaanpää, qui travaille au Turku Centre for Biotechnology en tant que coordinateur de Cell Imaging Core en Finlande, a supervisé le développement du projet. L'Académie de Finlande et l'agence finlandaise de financement pour la technologie et l'innovation ont également apporté leur soutien aux travaux de recherches.Pour de plus amples informations, consulter: University of Turku: http://www.utu.fi/en/ Nature Methods: http://www.nature.com/nmeth/index.html
Pays
Allemagne, Finlande