Europäer entwickeln Open-Source-Software für die Biowissenschaften
Die Verarbeitung von Bioimaging-Daten ist jetzt dank der neuen Open-Source-Software für die Visualisierung, Verarbeitung und Analyse mehrdimensionaler Bilder leichter geworden. Diese Software wurde von einem Team deutscher und finnischer Forscher entwickelt. Die sogenannte BioImageXD-Software, die in den letzten 10 Jahren entwickelt wird, erleichtert die Analyse von Zell-und Gewebe-Funktionen. Dazu gehört auch die Frage, wie sich Moleküle auf der Zelloberfläche bewegen und wie sie sich miteinander verbinden. Die in der Zeitschrift Nature Methods präsentierte Studie wurde zum Teil durch eine Finanzhilfe aus dem Siebten EU-Rahmenprogramms (RP7) finanziert. Forscher aus Turku und Jyväskäl in Finnland und aus Dresden in Deutschland geben dem Sektor der Biowissenschaften mit dieser Software, die die Analyse der Zusammensetzung der Zelloberfläche ermöglicht, einen Wettbewerbsvorteil. Die Software ermöglicht es den Forschern erstmalig, die Ausbreitung von Krebszellen in einer dreidimensionalen (3D)-Umgebung zu untersuchen und zu bestimmen, wie effektiv Viren und zielgerichtete Wirkstoffe in Zellen eindringen. Biowissenschaften und biomedizinische Forschung wurden dank der Arbeiten zur Zell- und Gewebe-Bildgebung mit innovativen und spezialisierten Mikroskopen intensiviert. Diese Spitzentechnologie hat Forschern die Mittel an die Hand gegeben, um lebende Zellen besser studieren zu können. Doch um richtig angezeigt zu werden, müssen mikroskopische Bilder in 3D-Modelle umgewandelt werden. Während diese 3D-Bilder nun Schlüsselinformationen liefern, werden für zuverlässige wissenschaftliche Daten numerische Werte benötigt, die für mathematische Berechnungen benutzt werden können, die ihrerseits mit umfangreichen Datensätzen gekoppelt werden können. Deutsche und finnische Forscher haben nun präzise Software-Spezifikationen für die Verarbeitung von Bilddaten aufgestellt. Das zentrale Element? Die Software musste auf Open-Source-Prinzipien aufbauen, die für alle Forscher leicht zugänglich sind. Das Ergebnis ist BioImageXD. BioImageXD kann Forschern dabei helfen, völlig neue Analysemethoden zu erarbeiten, Myriaden von Bildern gleichzeitig zu verarbeiten und Millionen von Molekülen zu analysieren. Vergleichende Tests haben gezeigt, dass BioImageXD schneller und empfindlicher ist als andere ähnliche Programme, so das Team. Ein Forscherteam von der Universität Jyvkäskylä Forscherteam unter Leitung von Jyrki Heino hatte mit den Arbeiten an der BioImageXD Software bereits vor etwa einem Jahrzehnt begonnen. In dieser Zeit arbeiteten die Forscher zusammen, um die Software zu rationalisieren und zu optimieren. Pasi Kankaanpää, der heute am Zentrum für Biotechnologie Turku als Koordinator von Cell Imaging Core in Finnland arbeitet, leitete die Entwicklung des Projekts. Die Akademie von Finnland und die finnische Förderagentur für Technologie und Innovation unterstützte die Studie ebenfalls.Weitere Informationen sind abrufbar unter: Universität Turku: http://www.utu.fi/en/ Nature Methods: http://www.nature.com/nmeth/index.html
Länder
Deutschland, Finnland