Europejczycy opracowali oprogramowanie typu open-source dla bionaukowców
Przetwarzanie danych z bioobrazowania właśnie stało się łatwiejsze dzięki nowemu oprogramowaniu typu open-source do wielowymiarowej wizualizacji, przetwarzania i analizy obrazów, opracowanym przez zespół fińskich i niemieckich naukowców. Oprogramowanie o nazwie BioImageXD, nad którym prace trwały 10 lat, umożliwia analizę komórek i funkcji tkanek, w tym sposobu poruszania się molekuł po powierzchni komórek i ich wiązania się. Badania, których wyniki zaprezentowano w czasopiśmie Nature Methods, zostały dofinansowane z grantu przyznanego z budżetu Siódmego Programu Ramowego (7PR). Naukowcy z Turku i Jyväskylä w Finlandii oraz z Drezna w Niemczech zapewniają naukom przyrodniczym przewagę, wyposażając je w oprogramowanie umożliwiające analizę składu powierzchni komórkowej. Oprogramowanie pozwala również naukowcom badać rozprzestrzenianie się komórek nowotworowych w trójwymiarowym (3D) środowisku oraz ustalać, na ile skutecznie wirusy i leki ukierunkowane przenikają do komórek, co jak do tej pory było niewykonalne. Bionauka i badania biomedyczne nabierają dynamiki, dzięki pracom nad obrazowaniem komórek i tkanek za pomocą innowacyjnych i wyspecjalizowanych mikroskopów. Najnowocześniejsza technologia zaopatrzyła także naukowców w narzędzia do doskonalszej analizy żywych komórek. Aby móc je prawidłowo wyświetlić, obrazy mikroskopowe muszą zostać przekształcone na modele 3D. Obrazy 3D dostarczają kluczowych informacji, tym niemniej wiarygodne dane naukowe wymagają wartości liczbowych, nadających się do wykorzystania w obliczeniach matematycznych, w których z kolei mogą być użyte obszerne zestawy danych. I tutaj do akcji wkraczają fińscy i niemieccy naukowcy, którzy wygenerowali precyzyjne specyfikacje softwareowe do przetwarzania danych z obrazów. Kluczowy element? Oprogramowanie musiało opierać się na zasadach open-source, aby być łatwo dostępne dla wszystkich naukowców. Rezultat? BioImageXD. BioImageXD może pomóc naukowcom w generowaniu całkowicie nowych metod analiz, przetwarzać jednocześnie niezliczone obrazy i analizować miliony molekuł. Według relacji zespołu testy porównawcze pokazały, że oprogramowanie BioImageXD jest szybsze i czulsze od innych, podobnych programów. Zespół badawczy z Uniwersytetu Jyväskylä, pracujący pod kierunkiem Jyrkiego Heino, rozpoczął prace nad BioImageXD około dziesięć lat temu. W tym okresie naukowcy usprawniali i optymalizowali oprogramowanie Pasi Kankaanpää, który pracuje obecnie w Centrum Biotechnologii w Turku jako koordynator Cell Imaging Core w Finlandii, kierował projektem. Badania otrzymały wsparcie z Akademii Fińskiej i Fińskiej Agencji Finansowania Technologii i Innowacji.Więcej informacji: Uniwersytet w Turku: http://www.utu.fi/en/ Nature Methods: http://www.nature.com/nmeth/index.html
Kraje
Niemcy, Finlandia