Mieux comprendre les infections fongiques pour identifier de meilleurs traitements
Les champignons sont généralement inoffensifs pour l’homme, on les trouve aussi bien sur notre peau que dans notre organisme. Certaines espèces peuvent toutefois constituer une menace importante pour la santé. «Les champignons pathogènes humains sont responsables d’un grand nombre d’infections, dont certaines peuvent être mortelles», explique Christophe d’Enfert, coordinateur du projet FunHoMic rattaché à l’Institut Pasteur en France. «En fait, trois types principaux, Candida, Aspergillus et Cryptococcus, sont responsables d’environ 1,5 million de décès dans le monde chaque année. Bien qu’il existe des traitements antifongiques, ceux-ci ne sont pas toujours très efficaces et l’on constate une augmentation de la résistance.»
Génétique de l’hôte, génétique fongique et diversité du microbiote
Le projet FunHoMic, soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, visait à mieux comprendre l’interaction entre les infections fongiques et l’hôte. «Il y a en fait trois composants qui interagissent: le champignon, l’hôte et le microbiote », explique Christophe d’Enfert. Votre microbiote est l’ensemble des bactéries, virus, champignons et autres micro-organismes présents dans et autour de votre corps. «Notre objectif était d’examiner la génétique de l’hôte, celle des champignons et la diversité du microbiote, afin de voir comment les variations de ces éléments influent sur les infections.» L’équipe du projet s’est concentrée sur une espèce particulière, Candida albicans, responsable du plus grand nombre d’infections fongiques chez les patients immunodéprimés dans les hôpitaux.
Nouvelles technologies pour étudier les champignons
Le projet a réuni 13 doctorants et a introduit de nouvelles technologies dans l’étude des infections fongiques, notamment les organes sur puce. Des cultures cellulaires microfluidiques en 3D sont intégrées dans une puce de circuit, qui simule ensuite les activités et la mécanique d’un système organique. «Nous avons également utilisé des fermenteurs capables d’imiter le tractus gastro-intestinal et appliqué de nouveaux outils pour analyser le microbiote fongique», explique Christophe d’Enfert. «Les champignons représentent une fraction beaucoup plus petite du microbiote que les bactéries et ont été moins étudiés.» D’autres étudiants se sont intéressés à la diversité génétique de C. albicans et à son influence sur les infections. Un sous-groupe d’isolats de C. albicans, par exemple, ne provoque que des infections au niveau du vagin. «Nous avons pu démontrer l’incapacité de ce groupe de Candida à se développer dans d’autres zones telles que l’appareil digestif et la circulation sanguine», ajoute Christophe d’Enfert. «Nous avons ensuite pu relier cette incapacité à un certain nombre de marqueurs génétiques.» Le projet a par ailleurs étudié une infection vaginale fongique qui touche environ 80 % des femmes au cours de leur vie et qui est souvent récurrente. Les facteurs génétiques susceptibles d’être responsables ont été examinés, ainsi que les différentes réponses immunitaires. Les étudiants ont également tenté d’identifier des bactéries antagonistes du Candida qui pourraient constituer des traitements potentiels, tels que des probiotiques.
Vers de nouvelles découvertes et de nouveaux traitements
Pour Christophe d’Enfert, le projet a permis de former des étudiants dans ce domaine spécifique et d’identifier des technologies et des techniques susceptibles de déboucher sur de nouveaux traitements. Parmi les nouvelles pistes de recherche, citons les raisons pour lesquelles certaines personnes hébergent C. albicans et d’autres non, ainsi que l’impact de facteurs tels que le régime alimentaire sur les taux d’infection. «Le projet n’a pas mis fin à ce type d’infections, mais il nous a permis de faire des progrès significatifs sur la voie d’une meilleure compréhension», remarque-t-il. «En termes d’applications potentielles, nous avons été en mesure d’identifier de nouveaux probiotiques potentiels et d’acquérir de nombreuses connaissances sur les infections à Candida et la sensibilité de certains hôtes aux infections fongiques.»
Mots‑clés
FunHoMic, champignons, infection, microbiote, génétique, Candida, champignons, immunité
