Quand les microbes deviennent les meilleurs amis de l’agriculteur
Les micro-organismes font partie intégrante de tous les systèmes alimentaires. Ils sont présents dans le sol, l’eau, les plantes et les animaux, et utilisés dans différentes techniques de transformation des aliments. «Chaque étape de la production alimentaire possède son propre écosystème microbien », explique Marco Candela, coordinateur du projet CIRCLES à l’université de Bologne. «Malgré cela, jusqu’à récemment, les systèmes alimentaires modèles étaient souvent étudiés sans tenir compte de ces acteurs microbiens.»
Une partie intégrante de la production alimentaire
Le consortium à l’origine du projet CIRCLES a constaté la nécessité de mieux informer les fabricants de denrées comestibles, et le grand public, sur le fait que les microbes font partie intégrante de la production alimentaire. De nombreux microbes sont d’une importance capitale pour la croissance des plantes et des animaux, car ils les aident à se défendre contre les attaques pathogènes et à se maintenir en bonne santé. Pour atteindre ses objectifs, le projet CIRCLES, qui prendra fin en octobre 2024, s’est concentré sur six systèmes alimentaires représentatifs au niveau européen. Il s’agit des épinards, des tomates, de la volaille, du porc, du saumon de l’Atlantique et de la daurade. Ces six systèmes ont été choisis parce qu’ils couvrent la production de viande, l’aquaculture et les produits frais.
Cartographie des écosystèmes microbiens
Le projet a débuté par une cartographie de l’état actuel des écosystèmes microbiens dans chacun de ces systèmes alimentaires. «Avec cet exercice de cartographie, nous voulions identifier quels microbes étaient responsables de quelles propriétés bénéfiques spécifiques, afin de démontrer qu’il existe des acteurs microbiens qui travaillent au profit des producteurs de denrées alimentaires», ajoute Marco Candela. «Les gens doivent être conscients de l’existence de ces écosystèmes et comprendre qu’ils font partie de la vie.» L’équipe a également cherché à mieux appréhender le fonctionnement de ces microbes et leur lien avec les systèmes de production alimentaire. Ce faisant, les chercheurs ont tenté d’identifier des solutions pour promouvoir les microbes bénéfiques, afin d’améliorer naturellement la productivité et la résilience des aliments. «En identifiant les “gentils” nous pourrons contribuer à l’amélioration de notre production alimentaire, sans avoir besoin de recourir aux antibiotiques », explique Marco Candela.
Des boîtes à outils s’appuyant sur le microbiome pour soutenir les producteurs de denrées alimentaires
Alors que le projet touche à sa fin, l’accent est mis sur l’élaboration de boîtes à outils pour chacun des six systèmes alimentaires ciblés. Une fois achevées, elles seront disponibles sur le site web du projet. Elles fourniront aux producteurs les informations et les outils dont ils ont besoin pour exploiter le microbiome naturel afin de stimuler la production. «Si vous produisez des plantes, par exemple, la boîte à outils vous apportera des solutions pour moduler le microbiome et assurer une meilleure résistance aux parasites ou améliorer la fixation de l’azote», explique Marco Candela. «Il y aura également un outil pour prélever des échantillons du microbiome, que vous pourrez ensuite nous envoyer. Nous pourrons vous dire si votre microbiome a été optimisé.» Marco Candela espère que l’un des principaux effets de ce projet sera de montrer aux personnes à la pointe de la production alimentaire, c’est-à-dire les agriculteurs, producteurs locaux et autres, qu’il est économiquement et écologiquement judicieux de travailler avec les microbes plutôt que contre eux. «Il n’est pas facile de convaincre les personnes extérieures au laboratoire que les actions fondées sur les microbiomes peuvent être bénéfiques», remarque-t-il. «Nous voulons démontrer que si vous intervenez dans votre écosystème pour encourager les microbes, vous pourrez réduire votre utilisation de pesticides ou d’eau, dans une certaine mesure. Ce sont ces chiffres que nous sommes en train de valider.»
Mots‑clés
CIRCLES, micro-organismes, microbes, cultures, agriculteurs, microbes, écosystèmes, microbiome
