Automatisation de l'analyse d'échantillons de picoplancton
Les micro-organismes que constitue le plancton sont de loin les plus répandus dans les océans du globe. Ils jouent un rôle important dans le cycle de l'azote, du carbone et d'autres espèces. Pourtant, on connaît peu de choses à leur sujet. Bien que la microscopie à épifluorescence ait joué un rôle déterminant dans la caractérisation du plancton, les analyses prennent beaucoup de temps. Heureusement, les scientifiques de l'Institut Max Planck de microbiologie marine ont mis au point un système automatisé d'analyse d'échantillons. Ce travail a été réalisé dans le cadre du projet BASICS financé en partie par le cinquième programme-cadre. Plus particulièrement, les techniques d'hybridation in situ en fluorescence (FISH - fluorescence in situ hybridization) et de coloration d'ADN sont utilisées pour rechercher la présence de picoplancton dans les échantillons. Deux trajectoires imbriquées permettent au microscope de traverser les échantillons jusqu'à ce que le nombre requis de cellules soit étudié. Les microbiologistes allemands ont résolu les problèmes de réglage à l'aide d'un programme de mise au point automatique de sauvegarde. Le microscope étant équipé d'une commande motorisée, d'obturateurs et de roues, la présence d'un opérateur s'avère inutile. L'intégration de fonctionnalités avancées de capture et de traitement d'image a permis de réduire davantage la durée d'analyse des échantillons. Le système a été testé lors du projet BASICS avec des échantillons recueillis en mer du Nord. Vingt-huit échantillons ont pu être analysés en quatre heures seulement. Cette nouvelle technique permettra d'accélérer la classification du picoplancton et de mieux comprendre ces organismes, certes minuscules, mais indispensables, de notre biosphère.
