Bibliothèque des gènes des microbes des fonds marins
La production de méthane et son métabolisme par les microbes des fonds marins constituent une source importante d'émission de gaz à effets de serre. Dans cette optique, le projet METROL a étudié la production de méthane dans les fonds marins. Des études et observations sur site ont été réalisées dans la mer baltique, la mer du Nord et la mer Noire. On distingue trois grands groupes de microorganismes impliqués dans l'écoulement de méthane provenant de suintements en grande profondeur. Il y a d'abord les microbes responsables de l'oxydation anaérobique du méthane (AOM) et produisant du méthanol. Ce processus réduit de manière significative le niveau de suintement de méthane. Le deuxième groupe important est constitué par les archéobactéries, directement responsables de la production de méthane et connus sous le nom de méthanogènes. Ils dérivent leur énergie de la production de méthane et leur présence est liée biochimiquement aux bactéries réduisant les sulfates. Ces deux derniers groupes sont associés à la zone de sédiments de transition sulfate - méthane (sulphate-methane transition zone - SMTZ). L'identité et la diversité ainsi que la structure communautaire de ces microbes ont été mesurés par identification d'ADN. En effet, l'ADN isolé à partir des sites en question a été amplifié et comparé à des bases de données génétiques d'autres sites de suintement des fonds marins. Pour étudier la diversité microbienne, six bibliothèques de gènes ont été construites - trois pour les bactéries et autant pour les archéobactéries. Tous les échantillons provenaient des SMTZ de sites de suintement de méthane. La diversité des archéobactéries était aussi élevée que celle des bactéries, et représentait six différents groupes phylogénétiques. Des groupes très similaires à ceux des sites de suintement en grande profondeur ont été trouvés. Ceci milite également en faveur de la présence d'une population microbienne cosmopolite d'AOM dans ces zones. Les utilisateurs potentiels de ces informations, comme les biologistes moléculaires travaillant en bioinformatique ou les microbiologistes travaillant sur ces microbes, pourront accéder aux banques de gènes à des fins référentielles. Les résultats contribueront également à améliorer la compréhension générale des environnements chimiques naturels et de leurs effets sur la biologie.
