La génétique pour caractériser des bancs de bactéries marines
La mer regorge de bactéries. Celles-ci jouent un rôle clé dans les cycles de l'azote, du carbone, du phosphore, du soufre et d'autres éléments. Ces cycles sont importants pour la capacité des océans à soutenir la vie, pour leur modération du système climatique mondial ainsi que pour d'autres facteurs. Toutefois, nos connaissances des bactéries marines sont très réduites, étant donné que celles-ci se sont avérées très difficiles à cultiver dans un environnement de laboratoire. Ceci a poussé le Nederlands Institute of Ecology (NIOO) à rejoindre le projet de recherche MIRACLE visant à développer de nouvelles méthodes pour reconnaître et différentier les bactéries microbiennes marines. Les chercheurs du NIOO ont utilisé le séquençage pour détecter des éléments uniques du code génétique des bactéries. Des échantillons ont été collectés dans la mer du Nord, la mer Baltique et la mer Ionienne de la Méditerranée. Le séquençage de l'acide ribonucléique ribosomal 16S (ARN r 16S) a permis d'identifier plus de 200 séquences uniques. La répartition entre cyanobactéries, bactéries hétérotrophes et plastes eucaryotes varie de manière significative entre les régions. De plus, le NIOO a isolé des séquences uniques d'opérons phycoérythrines (cpeBA) dans des échantillons de cyanobactéries de la mer Baltique. Les résultats de ce travail sont compilés dans 14 bibliothèques clones qui seront présentées au GeneBank. Le projet MIRACLE constitue un pas important vers l'amélioration de notre connaissance de la biodiversité microbienne des océans. À l'avenir, ceci pourrait ouvrir la voie à une exploitation en médecine, en biotechnologie, en bioremédiation ainsi qu'à d'autres applications.