Relever les empreintes dans les fermes piscicoles pour constater la résistance aux antibiotiques
La résistance des microbes aux antibiotiques est un problème très répandu. Plus particulièrement, les souches multirésistantes posent un sérieux problème à la santé publique. Malheureusement, la source de cette résistance est en partie due à l'utilisation abusive et la prescription inappropriée d'antibiotiques. D'autre part, une fois la bactérie résistante, elle peut transmettre les gènes responsables à d'autres bactéries durant un processus connu sous le nom de conjugaison. L'industrie de l'aquaculture en Asie du Sud-Est est confrontée à de sérieuses inquiétudes. Malheureusement, en raison de la menace constante d'infection dans une situation monoculturelle, l'utilisation d'agents antimicrobiens est très commune. Le projet ASIARESIST financé par l'UE s'est donc fixé l'objectif d'évaluer les risques de la résistance transférable dans les exploitations piscicoles de cette région. Les partenaires de projet de l'unité de santé animale aquatique de l'université de Putra (Malaisie) ont donc décidé de réaliser le génotype des bactéries résistantes aux antibiotiques suivants: le chloramphénicol, la streptomycine et la sulfonamide. La principale différence dans l'étude est qu'une approche génotypique (et non un test de susceptibilité) a été utilisée, dans laquelle la présence de gènes de résistance a été déterminée. La technique de réaction en chaîne à la polymérase répétitive (rep-PCR) a permis d'amplifier l'ADN de quelque 140 isolats de bactéries obtenus dans différentes exploitations piscicoles. Des amorces (GTG)5 spécifiques ont été utilisées pour l'amplification de séquences spécifiques d'ADN à des fins d'analyse. Les résultats de l'amplification ont ensuite été soumis à une électrophorèse et à la fluorescence UV après la mise en souche. Les empreintes de (GTG)5 en résultant ont été analysées à l'aide du logiciel GelCompare. Une fois le domaine de l'empreinte génétique pénétré, les mécanismes à l'origine de la résistance peuvent alors être déterminés. Une analyse concernant le mécanisme à l'origine de la résistance au chloramphénicol a été réalisée, de même qu'une analyse permettant de déterminer si la résistance à plus d'un antibiotique se transmettait simultanément (transconjugaison). Ce phénomène a été observé dans le cas de la résistance au chloramphénicol et au sulfonamide. En outre, la multirésistance potentielle de l'isolat, et par là-même le niveau de risque pour la santé ont pu être déterminés. Ce processus s'est révélé très efficace dans la différentiation des souches de bactéries. Il permet de suivre les pathogènes nouveaux et existants et également d'appliquer des stratégies appropriées de contrôle des risques en vue d'éviter des menaces à la sécurité en matière d'alimentation ou d'environnement. De plus, cette méthode est un moyen rapide, fiable, sensible et de bon rapport coût-efficacité permettant d'identifier la résistance génétique.
