L'exploration de l'interaction protéine-saccharide
Contrairement aux protéines, la structure des glucides n'est pas encodée par le génome et les études génétiques ne peuvent offrir que des informations restreintes. Par ailleurs, la protéomique ne permet pas de gérer la question des modifications post-translationelles des protéines au cours de la glycosylation, qui est souvent la force motrice de la fonction de la protéine. Pour étudier le rôle des interactions glucides-protéines dans le domaine de la santé et de la maladie, il faudra se pencher sur la nature biochimique de cette association. Dans ce contexte, le projet EUROGLYCOARRAYS financé par l'UE a rassemblé des experts européens pour développer et appliquer des jeux ordonnés d'échantillons de glucides. Ces derniers contiennent des structures de glucides telles que celles que l'on trouve dans des surfaces cellulaires attachées aux protéines et aux lipides. Ces jeux ordonnés d'échantillons s'avéreront utiles lors de l'étude des protéines de liaison aux glucides et offriront des informations précieuses sur les interactions glucides-protéines. Les partenaires se sont servis de glucides naturels et synthétiques pour générer des sondes pour ces jeux ordonnés d'échantillons. Les sondes synthétiques étaient relativement polyvalentes et ont fourni un matériel pur pour l'attachement sur les plateformes des jeux ordonnés d'échantillons. Outre les lames traditionnelles et l'analyse par spectroscopie fluorescente, un format supplémentaire de plateforme des jeux ordonnés d'échantillons de glucides a été développé pour étudier les réactions des glycoenzymes. Des outils de bioinformatique ont également été mis au point pour configurer la structure tridimensionnelle des glucides. Ils ont servi, aux côtés des jeux ordonnés d'échantillons de glucides, à des applications de virologie, à l'identification de biomarqueurs glucidiques du cancer et à l'étude du schéma de glycosylation des protéines dans les dystrophies musculaires. Globalement, la technologie des jeux ordonnés d'échantillons de glucides mise au point pourrait constituer la base d'un diagnostic reposant sur les glucides qui pourrait également servir à surveiller les résultats du traitement dans de nombreuses maladies. Plus important encore, le projet EUROGLYCOARRAYS espère transformer la glycomique en un aspect intégral des technologies en «-omique».
Mots‑clés
Glucides, protéine, glycomique, génome, protéomique, glycosylation, jeux ordonnés d'échantillons de glucides, bioinformatique, biomarqueurs, diagnostic
