La génétique, le mode de vie et l'environnement dans l'évaluation des risques du cancer
Le projet COGS («Collaborative oncological gene-environment study») oeuvre à définir de manière précise les risques individuels en prenant en considération tous les facteurs influençant possibles. Les chercheurs se concentrent sur cinq objectifs principaux: identifier la variation génétique sous-jacente au risque renforcé du cancer du sein, des ovaires et de la prostate; évaluer l'interaction entre les locus génétiques et les facteurs de risque de mode de vie et environnementaux suspects; déterminer si la relation entre les facteurs génétiques de risque, les facteurs environnementaux ou de mode de style de risque et le risque de cancer est plus forte pour certains sous-types de tumeurs; développer des modèles de risques pour ces cancers; et examiner l'efficacité et la rentabilité de l'utilisation de ces modèles de risques dans les stratégies de prévention. Les analyses statistiques sont utilisées pour identifier les locus génétiques par une procédure en plusieurs étapes, générant des résultats de génotypage formant la base pour des activités de projets subséquents. Les travaux initiaux de ce projet à financement européen se sont concentrés sur l'identification de 200000 polymorphismes à nucléotide unique (ou SNP) qui seront intégrés dans la puce Illumina iSelect, qui sera produite par le consortium des partenaires. Les SNP, les variations génétiques les plus fréquentes chez les espèces biologiques similaires, offrent des renseignements sur la relation entre la composition génétique au développement de maladies et les réponses thérapeutiques. Les ensembles de données ont été constituées à partir d'études d'associations génomiques existantes portant sur les cancers du sein, des ovaires et de la prostate. Ces derniers seront utilisés pour générer des génotypes dérivés pour tous les sujets. Au cours de la première année du projet, les efforts se sont portés sur la quantification et l'organisation de l'ADN provenant des quatre coins du monde. Le génotypage proprement dit devrait débuter lorsque la puce sera disponible. Des négociations ont été réalisées pour l'achat de puces iCOGS pour la sélection et le génotypage de SNP. En tant que première puce sur le cancer en son genre, cet accomplissement permet le génotypage dans tous les consortiums et offre un moyen d'éliminer les SNP candidats pour chaque locus. Grâce aux progrès réalisés en matière de génération de données, 55 locus (18 pour le cancer du sein, 27 pour la prostate, 6 pour le cancer des ovaires et 4 impliqués dans d'autres cancers) ont déjà été examinés. L'extraction de données provenant du 1000 Genomes Project et du projet Hapmap a permis de comparer ces chiffres à des variantes génétiques déjà identifiées. Dans les travaux d'investigations étudiant les interactions gènes/environnement dans le risque individuel du cancer, des questionnaires d'étude ont été téléchargés sur les sites web des partenaires du projet. Ces liens sont également disponibles sur le site de COGS. Les variables pour tous les facteurs de risque ont été codifiés, avec des variables plus détaillées définies pour une analyse plus approfondie en sous-ensemble menés à un stade ultérieur. Pendant que les travaux continuent, les partenaires du consortium se poursuivent pour poser les fondements pour les études planifiées afin de satisfaire les objectifs de futurs projets. Les chercheurs de COGS s'attendent à ce qu'à mesure que de nouvelles découvertes sur les facteurs environnementaux et de mode de vie sont identifiées, le projet parviendra à offrir des explications sur les variations individuelles face aux risques de la maladie. Les résultats de ce projet contribueront à élargir nos connaissances en matière de processus biologiques à l'origine de la carcinogenèse, ce qui est essentiel pour guider vers de nouvelles stratégies thérapeutiques, ainsi que développer des tests destinés à la prévision des risques.