Genetyka, tryb życia i środowisko a ryzyko zachorowania na raka
Zespół projektu "Kooperacyjne onkologiczne badania interakcji gen-środowisko" (COGS) pracuje nad dokładniejszym zdefiniowaniem indywidualnego ryzyka zachorowania, biorąc pod uwagę wszelkie możliwe czynniki sprawcze. Badacze mają do realizacji pięć zasadniczych celów: zidentyfikować genetyczną zmienność odpowiedzialną za większe ryzyko zachorowania na raka piersi, jajnika i prostaty; ocenić interakcje między genetycznym loci a znanymi lub domniemywanymi czynnikami ryzyka związanymi ze środowiskiem lub trybem życia; ocenić, czy związek między czynnikami genetycznymi, czynnikami ryzyka związanymi ze środowiskiem lub trybem życia i ryzykiem zachorowania na raka jest większy w wypadku pewnych podtypów guzów nowotworowych; opracować kompleksowe modele ryzyka w odniesieniu do tych rodzajów raka; zbadać efektywność i opłacalność wykorzystywania tych modeli ryzyka w strategiach zapobiegawczych. Identyfikacja genetycznych loci odbywa się przy użyciu analizy statystycznej w toku wieloetapowej procedury, przy czym wyniki genotypowania tworzą podstawę do dalszych działań projektowych. Początkowo prace w tym projekcie finansowanym przez UE skupiały się na identyfikacji 200 000 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), które jeden z członków konsorcjum umieści na macierzy Illumina iSelect w celach generacyjnych. Polimorfizmy SNP, najpowszechniej występujący typ zmienności stwierdzany u tego samego gatunku biologicznego, dostarczają informacji o powiązaniu składu genetycznego z rozwojem choroby i reakcjami terapeutycznymi. Na podstawie dotychczasowych genetycznych badań asocjacyjnych (GWAS) w zakresie raka piersi, prostaty i jajnika sporządzono zbiory danych. Posłużą one do wydzielenia oszacowanych genotypów dla wszystkich przypadków. W pierwszym roku projektu wysiłki skierowano na ocenę ilościową oraz porządkowanie DNA otrzymywanego od uczestników z całego świata. Rozpoczęcie właściwego genotypowania zostało zaplanowane na czas, gdy zostanie dostarczona macierz. Prowadzone są rozmowy w sprawie zakupu macierzy iCOGS do selekcji SNP i genotypowania. Ta pierwsza tego rodzaju macierz nowotworowa to osiągnięcie umożliwiające genotypowanie we wszystkich konsorcjach; stanowi ona środek eliminacji kandydackich SNP w każdym locus. Dzięki postępom w zakresie metod generowania danych już sprawdzono 55 loci (18 loci dla raka piersi, 27 dla prostaty, 6 dla jajnika, 4 kojarzone z różnymi innymi rodzajami raka). Eksploracja danych, których dostarczyły projekty 1000 Genomes Project oraz Hapmap, umożliwiła porównanie licznych typowych zidentyfikowanych wariantów. W ramach badań nad interakcjami gen-środowisko przyczyniającymi się do ryzyka wystąpienia raka odpowiednie kwestionariusze zostały zamieszczone w witrynach internetowych uczestników projektu. Łącza zamieszczono także w witrynie internetowej COGS. Zmienne dotyczące wszystkich czynników ryzyka zostały zakodowane, przy czym zostały zdefiniowane zmienne o większej szczegółowości w celu przeprowadzenia bardziej dogłębnej analizy w podzbiorach na etapie późniejszym. Prace są kontynuowane i członkowie konsorcjum w dalszym ciągu kładą podwaliny pod zaplanowane badania, aby zrealizować założone cele projektu. Badacze z projektu COGS oczekują, że dzięki dokonaniu nowych odkryć i rozpoznaniu czynników związanych ze środowiskiem i trybem życia projekt dostarczy wyjaśnień co do indywidualnej zmienności pod względem ryzyka zachorowania. Wyniki tego projektu doprowadzą także do uzyskania bogatszej wiedzy o procesach biologicznych leżących u podstaw karcynogenezy. Jest to ważne dla wytyczenia nowych strategii terapeutycznych, a także opracowania testów do prognozowania ryzyka.
