Quel est le facteur qui préserve les interactions protéiques?
La plupart des protéines ont acquis la capacité de passer depuis l'état soluble à des états fonctionnels distincts et bien définis, en fonction des conditions physiologiques. Des travaux récents montrent cependant que même dans les conditions physiologiques, l'état agrégé peut être thermodynamiquement plus stable que les autres. C'est par exemple le cas de la forme amyloïde très ordonnée, soulignant l'importance majeure des facteurs cinétiques dans le maintient de l'homéostasie des protéines. Malgré leur tendance à s'agréger in vitro, il est rare que les protéines in vivo passent dans des états aberrants tels que ceux de la maladie d'Alzheimer ou des diabètes de type II. Le projet Amyloidintermediate («The structural and dynamical ensemble of an amyloidogenic intermediate») financé par l'UE a associé des observations par RMN (résonance magnétique nucléaire) avec des simulations de la dynamique des molécules pour déterminer les facteurs permettant à la majorité des protéines d'échapper à l'agrégation dans les conditions physiologiques. Pour étudier les stratégies moléculaires participant à préserver la solubilité des protéines, les partenaires du projet ont choisi d'étudier l'acylphosphatase de Drosophila melanogaster (AcPDro2). Les travaux ont permis d'analyser les différences de structure, de dynamique et de surface énergétique de la protéine, à l'état soluble ou agrégé. Ceci a conduit à déterminer la nature des barrières énergétiques évitant à l'édifice protéique d'entrer dans des états dangereux propices à l'agrégation lorsqu'il est dans des conditions physiologiques. Ces barrières lui permettent de rester en solution tout en suivant sa dynamique fonctionnelle, éliminant le risque de repliement incorrect ou d'agrégation vers des états non fonctionnels, voire toxiques. Le projet Amyloidintermediate a renforcé la connaissance scientifique des facteurs intervenant dans le développement de maladies dégénératives.
