Le maintien du microbiome intestinal
Des millions de bactéries commensales saines servent à digérer des aliments, à acquérir des nutriments et à empêcher la colonisation d'agents pathogènes bactériens porteurs de maladie. Ces bactéries bénéfiques, probiotiques, sont souvent intégrées à des suppléments nutritionnels et des aliments pour favoriser le bien-être et un bon fonctionnement du système digestif, particulièrement au niveau de l'intestin. En vue de promouvoir l'étude des bactéries probiotiques, l'UE a financé un réseau de formation initiale Marie Curie (Initial Training Network ou ITN) dont le but est de former de jeunes scientifiques au nouveau domaine de la métagénomique du microbiote, qui étudie les interactions entre la microflore intestinale et son hôte humain. Chacun des 18 boursiers ont travaillé sur des projets de recherche individuels, contribuant à l'identification des composants biologiques et de souches conférant des avantages sanitaires. Le projet CROSS-TALK (Health-promoting cross-talk between intestinal microbiota and humans) a orienté sa formation vers la métagénomique du microbiome humain. En tant que nouvelle discipline, elle est appropriée pour cette étude étant donné qu'elle associe la biologie moléculaire, la microbiologie, la biologie cellulaire, l'immunologie et la physiologie animale et humaine. Les scientifiques ont identifié un grand nombre de souches de probiotiques avec des effets documentés sur la physiologie des cellules eucaryotes et les ont caractérisés pour déchiffrer les mécanismes impliqués pendant l'interaction avec l'hôte. Ils se sont concentrés sur un vaste comité de bactéries, donc les bactéries lactiques (Bifidobacteria et Lactobacilli), les bactéries à gram-positif (Roseburia, Akkermancia, Clostridi) ainsi des clones métagénomiques. Les effets pathophysiologiques ont été analysés en utilisant les modèles animaux et aux technologies ex vivo humaines. Le potentiel thérapeutique de ces bactéries est encore examiné dans 11 des 18 projets de recherche en cours. CROSS-TALK a également caractérisé la réponse globale des tissus à l'aide de la transcriptomique et d'études intégrées sur la signalisation cellulaire, en vue de sélectionner des bactéries probiotiques à fort potentiel bénéfique. Ces travaux pourraient considérablement améliorer la compréhension de la symbiose bactérienne dans l'intestin ainsi que leur impact sur sa physiologie, et devraient avoir d'importantes retombées commerciales. Un total des 30 articles scientifiques de la recherche CROSS-TALK ont été publiés dans des revues de haut profil. En septembre 2012, le réseau scientifique Cross-Talk (CTSN) a été fondé. Soutenu par la plateforme industrielle de bactéries lactiques, qui comprend d'importants producteurs alimentaires, il est ouvert à un vaste public scientifique et industriel.
Mots‑clés
Intestin, probiotique, métagénomique du microbiome humain, bactéries lactiques, symbiose