Descripción del proyecto
Proteínas reguladoras principales celulares en las infecciones de virus de ARN
Los virus de ARN son virus en los que el ARN que tienen como material genético desempeña un papel esencial durante el proceso de infección vírica. Los virus utilizan proteínas de unión a ARN (RBP, por sus siglas en inglés) celulares para favorecer la infección. Las células hospedadoras también emplean RBP para combatir a los virus. El objetivo del proyecto vRNP-capture, financiado con fondos europeos, es identificar el repertorio de RBP celulares con funciones reguladoras principales en la infección por virus de ARN. El empleo de la identificación del interactoma del ARN vírico, un método novedoso desarrollado por el laboratorio anfitrión, permitirá dilucidar la composición de ribonucleoproteínas víricas con un detalle y especificidad sin precedentes. La tecnología emplea el marcaje por pulsos de ARN vírico con un análogo de nucleótido fotoactivable, el entrecruzamiento con luz ultravioleta, la purificación de ARN vírico y la proteómica cuantitativa. Permitirá el descubrimiento de RBP celulares con funciones reguladoras clave en la infección como dianas potenciales para terapias antivíricas de amplio espectro.
Objetivo
RNA is a central molecule for RNA virRNA is a central molecule for RNA virus infection. However, viral genomes encode very few proteins that are able to interact with viral RNA. Hence, viruses co-opt cellular RNA-binding proteins (RBPs) to support infection. The host cell also employs RBPs to combat viruses through the recognition of unusual signatures present viral RNAs. Despite these critical roles, the complement of cellular RBPs involved in infection remains largely unknown. This research programme aims to discover comprehensively and unbiasedly the repertoire of cellular RBPs endowed with master regulatory roles in virus infection. To achieve this, we will exploit a novel method developed in my laboratory, named viral RNA interactome capture (vRIC), that allows the elucidation of viral ribonucleoprotein (RNP) composition with unprecedented depth and specificity. It employs pulse-labelling of viral RNA with a photoactivatable nucleotide analogue, UV crosslinking, viral RNA purification with antisense probes and quantitative proteomics. (Aim 1) I hypothesise that cellular RBPs that interact with a broad-range of viral RNAs are likely endowed with master regulatory roles in infection. To test this, I will apply vRIC to cells infected with different RNA viruses to discover RBPs that are shared across viral RNPs. Moreover, we will employ interferon α to investigate if the engagement of these RBPs with viral RNA is regulated by the antiviral state. (Aim 2) To test if these broad-spectrum RBPs display master regulatory roles in infection, I will apply a novel functional screen using genetically modified cells and a broad library of fluorescent viruses. (Aim 3) We will then decipher the molecular mechanisms underpinning the ability of these RBPs to support or restrict infection. In summary, this innovative research programme will discover cellular RBPs with master regulatory roles in infection with great potential as targets for broad-spectrum antiviral therapies.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
- ciencias naturalesciencias biológicasbioquímicabiomoléculasproteínasproteómica
- ciencias naturalesciencias biológicasmicrobiologíavirología
- ciencias naturalesciencias biológicasgenéticaARN
- ciencias naturalesciencias biológicasgenéticagenoma
Para utilizar esta función, debe iniciar sesión o registrarse
Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
ERC-COG - Consolidator GrantInstitución de acogida
G12 8QQ Glasgow
Reino Unido