Descrizione del progetto
Proteine regolatrici principali cellulari nell’infezione virale a RNA
I virus a RNA hanno l’RNA come materiale genetico che svolge un ruolo di rilievo durante l’infezione. I virus utilizzano proteinecellulari leganti l’RNA (RBP, RNA-Binding Proteins) per supportare l’infezione. Anche le cellule ospiti impiegano RBP per combattere i virus. Il progetto vRNP-capture, finanziato dall’UE, si propone di scoprire il repertorio di RBP cellulari con ruoli regolatori principali nelle infezioni virali a RNA. Una cattura dell’interattoma dell’RNA virale, un nuovo metodo sviluppato nel laboratorio che ha ospitato il progetto, consentirà di chiarire la composizione della ribonucleoproteina virale con profondità e specificità senza precedenti. La tecnologia impiega l’etichettatura a impulsi dell’RNA virale con un analogo nucleotidico fotoattivabile, la reticolazione UV, la purificazione dell’RNA virale e la proteomica quantitativa. Essa consentirà la scoperta di RBP cellulari con ruoli regolatori principali nell’infezione come potenziali bersagli per terapie antivirali ad ampio spettro.
Obiettivo
RNA is a central molecule for RNA virRNA is a central molecule for RNA virus infection. However, viral genomes encode very few proteins that are able to interact with viral RNA. Hence, viruses co-opt cellular RNA-binding proteins (RBPs) to support infection. The host cell also employs RBPs to combat viruses through the recognition of unusual signatures present viral RNAs. Despite these critical roles, the complement of cellular RBPs involved in infection remains largely unknown. This research programme aims to discover comprehensively and unbiasedly the repertoire of cellular RBPs endowed with master regulatory roles in virus infection. To achieve this, we will exploit a novel method developed in my laboratory, named viral RNA interactome capture (vRIC), that allows the elucidation of viral ribonucleoprotein (RNP) composition with unprecedented depth and specificity. It employs pulse-labelling of viral RNA with a photoactivatable nucleotide analogue, UV crosslinking, viral RNA purification with antisense probes and quantitative proteomics. (Aim 1) I hypothesise that cellular RBPs that interact with a broad-range of viral RNAs are likely endowed with master regulatory roles in infection. To test this, I will apply vRIC to cells infected with different RNA viruses to discover RBPs that are shared across viral RNPs. Moreover, we will employ interferon α to investigate if the engagement of these RBPs with viral RNA is regulated by the antiviral state. (Aim 2) To test if these broad-spectrum RBPs display master regulatory roles in infection, I will apply a novel functional screen using genetically modified cells and a broad library of fluorescent viruses. (Aim 3) We will then decipher the molecular mechanisms underpinning the ability of these RBPs to support or restrict infection. In summary, this innovative research programme will discover cellular RBPs with master regulatory roles in infection with great potential as targets for broad-spectrum antiviral therapies.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
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Parole chiave
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
ERC-COG - Consolidator GrantIstituzione ospitante
G12 8QQ Glasgow
Regno Unito