Neural Spectral Image Decoding

Informations projet

NEURAL SPICING

N° de convention de subvention: 101002198

DOI

10.3030/101002198

Date de signature de la CE 22 Avril 2021

Date de début 1 Mai 2021

Date de fin 30 Avril 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 975,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 975,00

Coordonné par

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data management plan

Publications

Peer reviewed articles (7)

Efficient Photoacoustic Image Synthesis with Deep Learning

Auteurs: Tom Rix; Kris K. Dreher; Jan-Hinrich Nölke; Melanie Schellenberg; Minu D. Tizabi; Alexander Seitel; Lena Maier-Hein
Publié dans: Sensors, Numéro 23 (16), 2023, Page(s) 7085 ff, ISSN 1424-8220
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/s23167085

Semantic segmentation of multispectral photoacoustic images using deep learning

Auteurs: Melanie Schellenberg, Kris K. Dreher, Niklas Holzwarth, Fabian Isensee, Annika Reinke, Nicholas Schreck, Alexander Seitel, Minu D. Tizabi, Lena Maier-Hein, and Janek Gröhl
Publié dans: Photoacoustics, Numéro 26, 2022, ISSN 2213-5979
Éditeur: Elsevier GmbH
DOI: 10.1016/j.pacs.2022.100341

Photoacoustic image synthesis with generative adversarial networks

Auteurs: Melanie Schellenberg, Janek Gröhl, Kris K. Dreher, Jan-Hinrich Nölke, Niklas Holzwarth, Minu D. Tizabi, Alexander Seitel, Lena Maier-Hein,
Publié dans: Photoacoustics, Numéro 28, 2022, ISSN 2213-5979
Éditeur: Elsevier GmbH
DOI: 10.1016/j.pacs.2022.100402

Spectral imaging enables contrast agent-free real-time ischemia monitoring in laparoscopic surgery

Auteurs: Leonardo Ayala; Tim J. Adler; Silvia Seidlitz; Sebastian Wirkert; Christina Engels; Alexander Seitel; Jan Sellner; Alexey Aksenov; Matthias Bodenbach; Pia Bader; Sebastian Baron; Anant Vemuri; Manuel Wiesenfarth; Nicholas Schreck; Diana Mindroc; Minu Tizabi; Sebastian Pirmann; Brittaney Everitt; Annette Kopp-Schneider; Dogu Teber; Lena Maier-Hein
Publié dans: Science Advances, Numéro 10(9), 2023, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1101/2022.03.08.22271465

SIMPA: an open-source toolkit for simulation and image processing for photonics and acoustics

Auteurs: Janek Gröhl; Kris K. Dreher; Melanie Schellenberg; Tom Rix; Niklas Holzwarth; Patricia Vieten; Leonardo Ayala; Sarah E. Bohndiek; Alexander Seitel; Lena Maier-Hein
Publié dans: Journal of Biomedical Optics, Numéro 8, 2022, ISSN 1083-3668
Éditeur: S P I E - International Society for Optical Engineering
DOI: 10.1117/1.jbo.27.8.083010

ICG-augmented hyperspectral imaging for visualization of intestinal perfusion compared to conventional ICG fluorescence imaging: An experimental study.

Auteurs: Studier-Fischer, A., Schwab, F. M., Rees, M., Seidlitz, S., Sellner, J., Özdemir, B., Ayala, L., Odenthal, J., Knoedler, S., Kowalewski, K.-F., Haney, C. M., Dietrich, M., Salg, G. A., Kenngott, H. G., Müller-Stich, B. P., Maier-Hein, L., & Nickel, F.
Publié dans: International Journal of Surgery, Numéro 109(12), 2023, ISSN 1743-9191
Éditeur: Surgical Association
DOI: 10.1097/js9.0000000000000706

HeiPorSPECTRAL - the Heidelberg Porcine HyperSPECTRAL Imaging Dataset of 20 Physiological Organs

Auteurs: Alexander Studier-Fischer, Silvia Seidlitz, Jan Sellner, Marc Bressan, Berkin Özdemir, Leonardo Ayala, Jan Odenthal, Samuel Knoedler, Karl-Friedrich Kowalewski, Caelan Max Haney, Gabriel Salg, Maximilian Dietrich, Hannes Kenngott, Ines Gockel, Thilo Hackert, Beat Peter Müller-Stich, Lena Maier-Hein & Felix Nickel
Publié dans: Scientific Data, Numéro 10(414), 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41597-023-02315-8

Other (4)

Application-driven Validation of Posteriors in Inverse Problems

Auteurs: Tim J. Adler, Jan-Hinrich Nölke, Annika Reinke, Minu Dietlinde Tizabi, Sebastian Gruber, Dasha Trofimova, Lynton Ardizzone, Paul F. Jaeger, Florian Buettner, Ullrich Köthe, Lena Maier-Hein
Publié dans: 2023
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2309.09764

Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation

Auteurs: Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian
Publié dans: 2023
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2302.01790

Metrics reloaded: Recommendation for image analysis validation

Auteurs: Lena Maier-Hein, Annika Reinke, Patrick Godau, Minu D. Tizabi, Florian Buettner, Evangelia Christodoulou, Ben Glocker, Fabian Isensee, Jens Kleesiek, Michal Kozubek, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Manuel Wiesenfarth, A. Emre Kavur, Carole H. Sudre, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Tim Rädsch, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arrie
Publié dans: 2023
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2206.01653

Machine learning-based analysis of hyperspectral images for automated sepsis diagnosis

Auteurs: Dietrich, Maximilian; Seidlitz, Silvia; Schreck, Nicholas; Wiesenfarth, Manuel; Godau, Patrick; Tizabi, Minu; Sellner, Jan; Marx, Sebastian; Kn��dler, Samuel; Allers, Michael M.; Ayala, Leonardo; Schmidt, Karsten; Brenner, Thorsten; Studier-Fischer, Alexander; Nickel, Felix; M��ller-Stich, Beat P.; Kopp-Schneider, Annette; Weigand, Markus A.; Maier-Hein, Lena
Publié dans: arXiv, 2021
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2106.08445

Conference proceedings (2)

Unsupervised Domain Transfer with Conditional Invertible Neural Networks

Auteurs: Kris K. Dreher, Leonardo Ayala, Melanie Schellenberg, Marco Hübner, Jan-Hinrich Nölke, Tim J. Adler, Silvia Seidlitz, Jan Sellner, Alexander Studier-Fischer, Janek Gröhl, Felix Nickel, Ullrich Köthe, Alexander Seitel, Lena Maier-Hein
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Numéro 14220, 2023, ISBN 978-3-031-43907-0
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-3-031-43907-0_73

Semantic segmentation of surgical hyperspectral images under geometric domain shifts

Auteurs: Sellner, Jan; Seidlitz, Silvia; Studier-Fischer, Alexander; Motta, Alessandro; Özdemir, Berkin; Müller-Stich, Beat Peter; Nickel, Felix; Maier-Hein, Lena
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Numéro 14228, 2023, ISBN 978-3-031-43996-4
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-3-031-43996-4_59

Non-peer reviewed articles (2)

Spectral Organ Fingerprints For Machine Learning-Based Intraoperative Tissue Classification With Hyperspectral Imaging

Auteurs: Alexander Studier-Fischer, Silvia Seidlitz, Jan Sellner, Berkin Özdemir, Manuel Wiesenfarth, Leonardo Ayala, Jan Odenthal, Samuel Knödler, Karl-Friedrich Kowalewski, Caelan Max Haney, Isabella Camplisson, Maximilian Dietrich, Karsten Schmidt, Gabriel Alexander Salg, Hannes Götz Kenngott, Tim Julian Adler, Nicholas Schreck, Annette Kopp-Schneider, Klaus Maier-Hein, Lena Maier-Hein, Beat Peter M
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 12, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-15040-w

Robust deep learning-based semantic organ segmentation in hyperspectral images

Auteurs: Silvia Seidlitz, Jan Sellner, Jan Odenthal, Berkin Özdemir, Alexander Studier-Fischer, Samuel Knödler, Leonardo Ayala, Tim Adler, Hannes G Kenngott, Minu Tizabi, Martin Wagner, Felix Nickel, Beat P Müller-Stich, Lena Maier-Hein
Publié dans: Medical Image Analysis, Numéro 80, 2022, ISSN 1361-8415
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.media.2022.102488