Description du projet
Le rôle de la matrice du biofilm dans les communautés microbiennes
Les bactéries vivent dans des communautés microbiennes complexes, principalement organisées en biofilms. De nouvelles preuves suggèrent que les interactions bactériennes intrinsèques sont déterminées par la composition de la matrice du biofilm. BioMatrix est un projet financé par l’UE qui vise à étudier les mécanismes liés au biofilm qui définissent les communautés microbiennes. Les chercheurs entendent modifier et suivre l’expression des composants de la matrice du biofilm, puis évaluer le résultat fonctionnel dans différentes conditions écologiques. Les résultats du projet fourniront des connaissances fondamentales sur l’activité et la résilience des communautés microbiennes, avec des applications biotechnologiques directes. En outre, les résultats de BioMatrix devraient permettre à la recherche de s’éloigner des études in vitro simplifiées sur des organismes modèles uniques.
Objectif
Complex microbial communities are comprised of diverse, interacting species. Often, such interactions result in outcomes that cannot be predicted from studies of their individual components in isolation. However, the underlying mechanisms resulting in such community intrinsic properties remain unidentified. The overarching aim of BioMatrix is to identify the molecular mechanisms underpinning community intrinsic properties of bacterial communities.
In nature, bacterial communities are predominantly organized as biofilms in which the cells are encased in a self-produced polymeric matrix. I hypothesize that the altered matrix composition of multispecies biofilms is the primary cause of community intrinsic properties defining bacterial communities. BioMatrix will test this hypothesis using expression studies of genes encoding matrix components and functional assessments of gene deletions leading to loss of specific matrix components. These will be addressed in settings of increasing environmental and community complexity, thus ensuring ecological relevance. High-resolution methodologies for single-cell detection will be combined with advanced image analysis to enable crucial micro-scale studies of bacterial communities. New approaches, such as printing 3D leaves suitable for manipulation and microscopy analysis, will be developed and applied to expand exploration to in situ conditions.
BioMatrix will close a primary knowledge gap in microbial ecology, by identifying fundamental mechanisms shaping bacterial communities. The impact of these mechanisms for community function and protection will be validated in settings of high community and environmental complexity. This will theoretically and experimentally advance biofilm research, addressing a severe bias towards in vitro studies of model organisms. The fundamental findings of BioMatrix will be directly applicable in a variety of biotechnological industries depending on community activity, interaction and resilience.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN.
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Mots‑clés
Programme(s)
Régime de financement
ERC-COG - Consolidator GrantInstitution d’accueil
1165 Kobenhavn
Danemark